PDB-3kxa: Crystal Structure of NGO0477 from Neisseria gonorrhoeae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kxa

タイトル

Crystal Structure of NGO0477 from Neisseria gonorrhoeae

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NGO0477 / Neisseria gonorrhoeae / New protein fold / OPPF / Oxford Protein Production Facility

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ren, J. / Sainsbury, S. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of NGO0477 from Neisseria gonorrhoeae reveals a novel protein fold incorporating a helix-turn-helix motif.
著者: Ren, J. / Sainsbury, S. / Nettleship, J.E. / Saunders, N.J. / Owens, R.J.

履歴

登録	2009年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kxa.cif.gz	115.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kxa.ent.gz	91.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kxa_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kxa_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	3kxa_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	3kxa_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5qtm-1 3aca-d 5esw-d 5qts-1 5qjr-1 3ac9-d 5qtp-2 5qjn-1 5qj4-1 5qk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: OPTIC241

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

65 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.823, 124.823, 137.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	LYS	LYS	A	A	5 - 19	13 - 27
2	1	HIS	HIS	LYS	LYS	B	B	5 - 19	13 - 27
3	1	HIS	HIS	LYS	LYS	C	C	5 - 19	13 - 27
4	1	HIS	HIS	LYS	LYS	D	D	5 - 19	13 - 27
1	2	THR	THR	MSE	MSE	A	A	26 - 130	34 - 138
2	2	THR	THR	MSE	MSE	B	B	26 - 130	34 - 138
3	2	THR	THR	MSE	MSE	C	C	26 - 130	34 - 138
4	2	THR	THR	MSE	MSE	D	D	26 - 130	34 - 138

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / NGO0477 protein 分子量: 15995.915 Da / 分子数: 4 / 断片: residues in UNP 13-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: FA1090 / 遺伝子: NGO0477 / プラスミド: OPPF1366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5F9C2
#2: 化合物	ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	RESIDUES WITH NAME UNX ARE TWO UNKNOWN MOLECULES BOUND TO THE STRUCTURE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.22	61.84
2

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris HCl, 22% PEG 400, 0.3M tri-sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM14	1	0.978
シンクロトロン	ESRF	BM14	2	0.90499

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2006年4月10日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2006年2月18日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.978	1
2	0.90499	1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 19515 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 48.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.238 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.923 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1929 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→26.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 24.824 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.982 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27968	1004	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2298	-	-	-
obs	0.23236	18502	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.61 Å²	1.3 Å²	0 Å²
2-	-	2.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→26.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4062	0	71	27	4160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.174	1.983	5620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.842	5	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.8	22.874	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.547	15	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.632	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.749	4	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.55	6	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.405	6	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.634	10	1380

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	480	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
B	480	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
C	480	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
D	480	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
A	459	LOOSE POSITIONAL	0.06	5
B	459	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
C	459	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
D	459	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
A	480	TIGHT THERMAL	4.38	10.5
B	480	TIGHT THERMAL	4.26	10.5
C	480	TIGHT THERMAL	4.51	10.5
D	480	TIGHT THERMAL	4.35	10.5
A	459	LOOSE THERMAL	5.74	30
B	459	LOOSE THERMAL	5.49	30
C	459	LOOSE THERMAL	5.35	30
D	459	LOOSE THERMAL	5.49	30

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.875 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	76	-
R_work	0.377	1239	-
obs	-	-	91.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.844	-0.1284	-0.2941	0.2919	0.173	0.2703	-0.0678	-0.0447	0.0343	0.0115	0.0556	0.0196	-0.0104	-0.0149	0.0123	0.1068	0.0222	-0.0022	0.0456	-0.0169	0.023	52.8304	55.6154	61.6396
2	0.6969	-0.4566	0.1815	1.6334	0.2291	0.312	0.0575	0.0015	0.0728	0.0003	0.0518	-0.2197	0.0098	0.0905	-0.1093	0.0966	0.0128	-0.0046	0.1267	-0.048	0.0708	62.359	70.7387	75.8146
3	1.217	-0.6962	-0.5117	1.1865	0.0463	0.3358	0.0155	0.0449	-0.016	-0.0298	-0.0323	0.0367	-0.0053	0.0436	0.0168	0.0474	-0.0233	0.0137	0.0897	0.0174	0.0145	21.7682	73.7044	75.9738
4	2.1203	0.1584	0.222	0.6923	-0.1723	0.1037	-0.0103	0.0039	0.2822	0.0095	0.0429	0.0735	-0.0425	-0.0416	-0.0326	0.1206	0.0157	0.0492	0.1345	0.0385	0.0942	30.0207	89.3837	61.745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	140
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	27 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 26
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	140
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	27 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 26
10	X-RAY DIFFRACTION	3	D	140
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	212 - 222
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	27 - 130
13	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 26
14	X-RAY DIFFRACTION	4	C	140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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