[日本語] English
万見
- PDB-3kwx: Chemically modified Taka alpha-amylase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kwx
タイトルChemically modified Taka alpha-amylase
要素Alpha-amylase A type-1/2
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE(O-GLYCOSYL) / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase / CHEMICAL MODIFICATION / ARGININEMETHYLESTER / Carbohydrate metabolism / Disulfide bond / Glycoprotein / Glycosidase / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall-bounded periplasmic space / hyphal septin band / spitzenkorper / fungal-type cell wall / alpha-amylase / cell septum / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases ...Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase A type-1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Siddiqui, K.S. / Harrop, S.J. / Poljak, A. / De Francisci, D. / Guerriero, G. / Pilak, O. / Burg, D. / Raftery, M.J. / Parkin, D.M. / Trewhella, J. / Cavicchioli, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A Modified alpha-amylase with a molten-globule state has enhanced thermal stability
著者: Siddiqui, K.S. / Poljak, A. / De Francisci, D. / Guerriero, G. / Pilak, O. / Burg, D. / Raftery, M.J. / Parkin, D.M. / Trewhella, J. / Cavicchioli, R.
履歴
登録2009年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase A type-1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7873
ポリマ－52,5261
非ポリマー2612
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.727, 120.727, 115.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-amylase A type-1/2 / Taka-amylase A / TAA / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase


分子量: 52525.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P0C1B3, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG 4000, 0.4M AMSO4, 0.1M MES pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: yes / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→36.18 Å / Num. obs: 38486 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 54.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 5566 / Rsym value: 0.523 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GVY

2gvy


解像度: 2.4→36.177 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 1945 5.14 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1768 37823 98.2 %-
all-38486 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.375 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.987 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.011 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.011 Å20 Å2
3----12.023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 15 275 3976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0715186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7831297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.48590.2841790.24243419X-RAY DIFFRACTION94
2.4859-2.58540.27371780.21083443X-RAY DIFFRACTION96
2.5854-2.7030.27271980.20623528X-RAY DIFFRACTION97
2.703-2.84540.24131960.20193526X-RAY DIFFRACTION98
2.8454-3.02360.2381980.20143595X-RAY DIFFRACTION99
3.0236-3.2570.24662000.20273567X-RAY DIFFRACTION99
3.257-3.58450.22471970.18063634X-RAY DIFFRACTION100
3.5845-4.10250.18281790.15123683X-RAY DIFFRACTION100
4.1025-5.16630.16092260.13123651X-RAY DIFFRACTION100
5.1663-36.18090.18531940.16633832X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る