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万見
- PDB-3kvj: Crystal Structure of Human Dihydroorotate Dehydrogenase (DHODH) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kvj
タイトルCrystal Structure of Human Dihydroorotate Dehydrogenase (DHODH) with Amino-Benzoic Acid Inhibitor 105 at 1.94A Resolution
要素Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTEIN-ANTIPROLIFERATIVE AGENT COMPLEX / Flavoprotein / FMN / Membrane / Mitochondrion / Mitochondrion inner membrane / Polymorphism / Pyrimidine biosynthesis / Transit peptide / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1X5 / ACETATE ION / UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / Chem-DOR / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者McLean, L. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Discovery of novel inhibitors for DHODH via virtual screening and X-ray crystallographic structures.
著者: McLean, L.R. / Zhang, Y. / Degnen, W. / Peppard, J. / Cabel, D. / Zou, C. / Tsay, J.T. / Subramaniam, A. / Vaz, R.J. / Li, Y.
履歴
登録2009年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9477
ポリマ－42,6361
非ポリマー1,3106
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.838, 90.838, 123.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 42636.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / プラスミド: PET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PYRD
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 7種, 266分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-DOR / (4S)-2,6-DIOXOHEXAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / DIHYDROOROTIC ACID / ジヒドロオロト酸


分子量: 158.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O4
#5: 化合物 ChemComp-DET / UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / ウンデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 215.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H29NO
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-1X5 / 2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]-5-[methyl(pyridin-3-ylmethyl)amino]benzoic acid


分子量: 325.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N3O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL, 0.1 M NA-ACETATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月20日 / 詳細: XENOCS FOX 2D
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 44061 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-2.0110.20.45743311.056100
2.01-2.0910.40.34543481.069100
2.09-2.1810.40.26243511.038100
2.18-2.310.40.20743321.024100
2.3-2.4410.50.18343791.016100
2.44-2.6310.50.15343831.007100
2.63-2.910.50.12344100.989100
2.9-3.3210.50.09344211100
3.32-4.1810.50.0744661.008100
4.18-50100.05946401.01499.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CNX2005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D3G

1d3g


解像度: 1.94→30.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Data cutoff high absF: 592850 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2111 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 42332 96 %-
all-44019 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.837 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 72.67 Å2 / Biso mean: 27.268 Å2 / Biso min: 9.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å21.36 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----2.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→30.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2782 0 90 260 3132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.352.5
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 344 5.1 %
Rwork0.188 6341 -
all-6685 -
obs--92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4105.PAR105.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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