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- PDB-3kux: Structure of the YPO2259 putative oxidoreductase from Yersinia pestis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kux
タイトルStructure of the YPO2259 putative oxidoreductase from Yersinia pestis
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidoreductase family / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidoreductase / Putative oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Kwon, K. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the YPO2259 putative oxidoreductase from Yersinia pestis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Kwon, K. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7552
ポリマ－38,7201
非ポリマー351
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5114
ポリマ－77,4402
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area2930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area29300 Å2
手法PISA
3
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5114
ポリマ－77,4402
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area1780 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area30450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.55, 97.55, 172.51
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase / Putative uncharacterized protein


分子量: 38719.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: mviM4, y2101, YPO2259, YP_2055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q7CIK0, UniProt: A0A3N4BF22*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% Tacsimate, 10mM magnesium chloride, 100mM HEPES, 300mM NDSB-195, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 13362 / Num. obs: 13282 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 3.2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1267 / Χ2: 1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.18 / WRfactor Rwork: 0.178 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.867 / SU B: 25.893 / SU ML: 0.233 / SU R Cruickshank DPI: 0.735 / SU Rfree: 0.268 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 3.2 / ESU R: 0.73 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 655 4.9 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.2 13314 --
obs0.2 13251 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.2 Å2 / Biso mean: 22.948 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 1 44 2745
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0222776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7961.9643787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9415349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.96524.167120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27215438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.631514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3441.51742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50322806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9131034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0264.5980
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 42 -
Rwork0.309 903 -
all-945 -
obs-838 99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5705-2.0549-1.51386.7646-1.55272.19420.4125-0.3539-1.2161-0.65610.43361.36490.15780.0197-0.8460.2717-0.0182-0.28260.13510.00230.3822-7.92932.017-12.823
27.3177-2.8838-0.25977.1543-0.55311.29440.95250.1256-1.7359-0.7758-0.03161.24430.58360.2595-0.9210.37940.0986-0.47980.1477-0.04440.5562-2.7424.678-13.113
30.8232-0.33610.76751.82080.87841.27640.19270.2642-0.1199-0.2466-0.0782-0.0389-0.09370.2516-0.11450.31820.0479-0.01460.3651-0.02930.08377.77944.102-6.556
42.8249-0.70630.6192-5.6549-5.17996.19320.04110.8805-1.2205-1.3121-0.00610.90861.3806-0.4029-0.0350.6387-0.1160.0140.4072-0.15960.7031-1.37631.40312.601
50.9014-0.02020.72090.4090.4821.12420.0390.0179-0.0616-0.10690.0427-0.0221-0.08-0.0986-0.08170.28030.0103-0.00350.30540.02280.10162.20148.4123.161
65.9625-0.18057.74090.78570.11619.84720.160.7997-0.148-0.080.0225-0.16860.01830.9028-0.18260.24680.04330.04770.3765-0.08360.069114.86838.43-4.594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3A100 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4A152 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5A172 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6A308 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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