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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ktn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a putative 2-Keto-3-deoxygluconate Kinase from Enterococcus faecalis | ||||||
![]() | Carbohydrate kinase, pfkB family | ||||||
![]() | TRANSFERASE / KINASE / PFKB FAMILY / RIBOKIANSE / 2-Keto-3-deoxygluconate Kinase / PSI-II / NYSGXRC / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / kinase activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Carbohydrate kinase, pfkB family![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a putative 2-Keto-3-deoxygluconate Kinase from Enterococcus faecalis 著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Trimer of dimers |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39682.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10 (Invitrogen) / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.75 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium Citrate pH 7.0 8% W/V Trimethylamine N-oxide dihydrate 20% W/V PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月16日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→50 Å / Num. all: 41573 / Num. obs: 41573 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 42.9 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 41.9 % / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique all: 4078 / Rsym value: 0.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→44.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
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