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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kta | ||||||
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タイトル | Structural Basis for Adenylate Kinase Activity in ABC ATPases | ||||||
要素 | (Chromosome segregation protein smc) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / structural maintenance of chromosomes / SMC / ABC ATPase / CFTR (嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子) / adenylate kinase / AP5A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cohesin loader activity / chromosome condensation / mitotic sister chromatid cohesion / chromosome segregation / 染色体 / double-stranded DNA binding / DNA複製 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.627 Å | ||||||
データ登録者 | Lammens, A. / Hopfner, K.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Structural Basis for Adenylate Kinase Activity in ABC ATPases. 著者: Lammens, A. / Hopfner, K.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kta.cif.gz | 157.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kta.ent.gz | 130.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kta.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/3kta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/3kta | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20416.777 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 115-296 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 遺伝子: PF1843 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZY2 #2: タンパク質 | 分子量: 19635.633 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1120-1291 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 遺伝子: PF1843 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZY2 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: BisTRIS, 16% PEG3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 84052 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.6455 Å / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.627→35.435 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.158 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.627→35.435 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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