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- PDB-3ksk: Crystal Structure of single chain PvuII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ksk
タイトルCrystal Structure of single chain PvuII
要素Type-2 restriction enzyme PvuII
キーワードHYDROLASE / single chain restriction endonuclease / DNA-binding protein / Endonuclease / Magnesium / Metal-binding / Nuclease / Restriction system
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, PvuII / Restriction endonuclease, type II, PvuII superfamily / Restriction endonuclease PvuII / Restriction endonuclease type II-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme PvuII
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus hauseri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Meramveliotaki, C. / Hountas, A. / Eliopoulos, E. / Kokkinidis, M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of single chain PvuII
著者: Meramveliotaki, C. / Hountas, A. / Eliopoulos, E. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Purification, crystallization, X-ray diffraction analysis and phasing of an engineered single-chain PvuII restriction endonuclease.
著者: Meramveliotaki, C. / Kotsifaki, D. / Androulaki, M. / Hountas, A. / Eliopoulos, E. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2009年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme PvuII
B: Type-2 restriction enzyme PvuII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,22810
ポリマ－75,3862
非ポリマー8438
水8,449469
1
A: Type-2 restriction enzyme PvuII
B: Type-2 restriction enzyme PvuII
ヘテロ分子

A: Type-2 restriction enzyme PvuII
B: Type-2 restriction enzyme PvuII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,45720
ポリマ－150,7714
非ポリマー1,68616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area57060 Å2
手法PISA
2
A: Type-2 restriction enzyme PvuII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0034
ポリマ－37,6931
非ポリマー3103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Type-2 restriction enzyme PvuII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2256
ポリマ－37,6931
非ポリマー5325
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.921, 101.921, 100.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
12B

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Refine code: 5

Component-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARGAA235 - 255234 - 254
21ASPASPARGARGAA75 - 9574 - 94
31ASPASPILEILEAA279 - 304278 - 303
41ASPASPILEILEAA119 - 144118 - 143
12ASPASPPROPROBB235 - 258234 - 257
22ASPASPPROPROBB75 - 9874 - 97
32ARGARGLYSLYSBB274 - 307273 - 306
42ARGARGLYSLYSBB114 - 147113 - 146

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme PvuII / R.PvuII / Type II restriction enzyme PvuII / Endonuclease PvuII


分子量: 37692.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus hauseri (バクテリア) / 遺伝子: pvuII, pvuIIR / プラスミド: pRIZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23657, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.28-1.36 M ammonium sulfate, 5% MPD, 100 mM bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8128 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→102.06 Å / Num. obs: 42525
反射 シェル解像度: 2.35→2.411 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→102.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.118 / SU ML: 0.197 / SU R Cruickshank DPI: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2122 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.219 42168 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→102.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5109 0 49 469 5627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0871.957199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2445616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.43524.75261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06515896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9521516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.22576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.23521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2840.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1931.53178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05825009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75932456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0574.52190
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A188medium positional0.240.5
2B232medium positional0.350.5
1A218loose positional0.765
2B257loose positional0.845
1A188medium thermal4.962
2B232medium thermal7.142
1A218loose thermal7.4810
2B257loose thermal9.910
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 159 -
Rwork0.258 2911 -
obs--98.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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