+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ksk | ||||||
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Title | Crystal Structure of single chain PvuII | ||||||
Components | Type-2 restriction enzyme PvuII | ||||||
Keywords | HYDROLASE / single chain restriction endonuclease / DNA-binding protein / Endonuclease / Magnesium / Metal-binding / Nuclease / Restriction system | ||||||
Function / homology | Function and homology information type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Proteus hauseri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Meramveliotaki, C. / Hountas, A. / Eliopoulos, E. / Kokkinidis, M. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of single chain PvuII Authors: Meramveliotaki, C. / Hountas, A. / Eliopoulos, E. / Kokkinidis, M. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2007 Title: Purification, crystallization, X-ray diffraction analysis and phasing of an engineered single-chain PvuII restriction endonuclease. Authors: Meramveliotaki, C. / Kotsifaki, D. / Androulaki, M. / Hountas, A. / Eliopoulos, E. / Kokkinidis, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ksk.cif.gz | 149.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ksk.ent.gz | 117.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ksk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ksk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ksk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Dom-ID: 1 / Refine code: 5
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 37692.797 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Proteus hauseri (bacteria) / Gene: pvuII, pvuIIR / Plasmid: pRIZ / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P23657, type II site-specific deoxyribonuclease #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.28-1.36 M ammonium sulfate, 5% MPD, 100 mM bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X11 / Wavelength: 0.8128 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8128 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→102.06 Å / Num. obs: 42525 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.411 Å |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35→102.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.118 / SU ML: 0.197 / SU R Cruickshank DPI: 0.293 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.255 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.03 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→102.06 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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