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- PDB-3ks0: Crystal structure of the heme domain of flavocytochrome b2 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ks0
タイトルCrystal structure of the heme domain of flavocytochrome b2 in complex with Fab B2B4
要素
  • Cytochrome b2, mitochondrial
  • Fragment Antigen Binding B2B4
  • heme domain of flavocytochrome b2
キーワードOXIDOREDUCTASE / electron transfer / epitope / domain mobility / flavocytochrome b2 / antibody / Fab / heme domain / Electron transport / Flavoprotein / FMN / Heme / Metal-binding / Mitochondrion / Respiratory chain / Transit peptide / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate metabolic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. ...L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Lederer, F. / Le, K.H.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural evidence for the functional importance of the heme domain mobility in flavocytochrome b2.
著者: Diep Le, K.H. / Lederer, F. / Golinelli-Pimpaneau, B.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Probing intramolecular electron transfer within flavocytochrome b2 with a monoclonal antibody
著者: Miles, C.S. / Le, K.H.D. / Lederer, F.
#2: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2003
タイトル: Epitope mapping for the monoclonal antibody that inhibits intramolecular electron transfer in flavocytochrome b2
著者: Le, K.H.D. / Mayer, M. / Lederer, F.
履歴
登録2009年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: heme domain of flavocytochrome b2
H: Fragment Antigen Binding B2B4
A: Cytochrome b2, mitochondrial
J: heme domain of flavocytochrome b2
K: Fragment Antigen Binding B2B4
B: Cytochrome b2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8658
ポリマ－115,6326
非ポリマー1,2332
水2,378132
1
A: Cytochrome b2, mitochondrial
J: heme domain of flavocytochrome b2
K: Fragment Antigen Binding B2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4324
ポリマ－57,8163
非ポリマー6161
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: heme domain of flavocytochrome b2
H: Fragment Antigen Binding B2B4
B: Cytochrome b2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4324
ポリマ－57,8163
非ポリマー6161
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.580, 83.680, 92.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 heme domain of flavocytochrome b2


分子量: 22876.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fragment Antigen Binding B2B4


分子量: 24475.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Cytochrome b2, mitochondrial / L-lactate dehydrogenase [Cytochrome] / L-lactate ferricytochrome C oxidoreductase / L-LCR


分子量: 10464.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CYB2, YML054C, YM9958.08C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00175, L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20 % PEG 4000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgCl2, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 29267 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym value% possible all
2.7-2.853.30.6661.20.66694.6
2.85-3.023.40.4591.70.45996.5
3.02-3.233.50.3322.30.33297.5
3.23-3.493.60.2253.40.22597.7
3.49-3.823.70.15350.15397.8
3.82-4.273.70.1057.20.10597.9
4.27-4.933.70.0769.60.07697.9
4.93-6.043.60.08390.08398
6.04-8.543.60.088.70.0898
8.54-71.983.10.066.80.0694.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.89 Å22.67 Å
Translation2.89 Å22.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
SCALA3.2.19データスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→24.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.848 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28907 1487 5.1 %RANDOM
Rwork0.21399 ---
obs0.21771 27762 96.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20.22 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7803 0 86 132 8021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.9911163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44951025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.09324.744293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.179151196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.3411517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0226155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6881.55160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2928397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73232965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8694.52766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 108 -
Rwork0.276 1987 -
obs--93.74 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4parallhdg.hemes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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