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万見
- PDB-3krf: Mint heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3krf
タイトルMint heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase in complex with magnesium, IPP, and DMASPP (I)
要素(Geranyl diphosphate synthase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / Isoprene biosynthesis / isoprenyl pyrophosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / prenyltransferase activity / dimethylallyltranstransferase activity / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE / Geranyl diphosphate synthase large subunit / Geranyl diphosphate synthase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mentha x piperita (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Structure of a heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase from mint (Mentha piperita) reveals intersubunit regulation
著者: Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Teng, K.-H. / Liang, P.-H. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2009年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02019年10月16日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranyl diphosphate synthase large subunit
B: Geranyl diphosphate synthase small subunit
C: Geranyl diphosphate synthase small subunit
D: Geranyl diphosphate synthase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,42913
ポリマ－123,4064
非ポリマー1,0239
水13,709761
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Geranyl diphosphate synthase large subunit
B: Geranyl diphosphate synthase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1086
ポリマ－61,7032
非ポリマー4054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22060 Å2
手法PISA
3
C: Geranyl diphosphate synthase small subunit
D: Geranyl diphosphate synthase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3227
ポリマ－61,7032
非ポリマー6195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.850, 108.843, 182.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Gel filtration chromatography demonstrate that the biological assembly should be a hetero-tetramer, composed of two hetero-dimers (one is A chain and B chain, the other is C chain and D chain).

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要素

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Geranyl diphosphate synthase ... , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 Geranyl diphosphate synthase large subunit / GPPS Large Subunit / Geranyl pyrophosphate synthase large subunit / Gpp synthase large subunit


分子量: 31947.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mentha x piperita (植物) / 遺伝子: GPPS Large Subunit / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9SBR3, dimethylallyltranstransferase
#2: タンパク質 Geranyl diphosphate synthase small subunit / GPPS Small Subunit / Gpp synthase small subunit


分子量: 29755.963 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 49-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mentha x piperita (植物) / 遺伝子: GPPS Small subunit / プラスミド: pET37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9SBR4, dimethylallyltranstransferase

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非ポリマー , 6種, 770分子

#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#7: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate


分子量: 262.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 % / Mosaicity: 0.616 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris, 200mM ammonium acetate, 20% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月28日
放射モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 72950 / Num. obs: 55653 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 5479 / Χ2: 0.909 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2536 4.6 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.22 55146 --
obs0.22 50724 91.5 %-
溶媒の処理Bsol: 54.215 Å2
原子変位パラメータBiso max: 132.85 Å2 / Biso mean: 51.464 Å2 / Biso min: 20.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.452 Å20 Å20 Å2
2--15.444 Å20 Å2
3---14.008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8260 0 54 761 9075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2622.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.396 196
Rwork0.386 -
obs-4422
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ligand.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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