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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kr9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative tRNA (m1A22) methyltransferase | ||||||
![]() | SAM-dependent methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / class I Rossmann-like methyltransferase fold / Methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ta, M.H. / Kim, K.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative tRNA (m1A22) methyltransferase in complex with S-adenosyl-L-methionine 著者: Ta, M.H. / Kim, K.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24965.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1610 / プラスミド: pVFT3S / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q97PJ9, UniProt: A0A0H2UR54*PLUS, EC: 2.1.1.36 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate pH5.6, 0.2M sodium/potassium tartrate, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
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検出器 | 検出器: CCD | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→71.43 Å / Num. obs: 20787 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.46 Å2 / Biso mean: 28.211 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→71.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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