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- PDB-3kr9: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kr9
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative tRNA (m1A22) methyltransferase
要素SAM-dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / class I Rossmann-like methyltransferase fold / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / tRNA (adenine(22)-N1)-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1890 / tRNA methyltransferase TrmK / tRNA (adenine(22)-N(1))-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix Hairpins / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SAM-dependent methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ta, M.H. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative tRNA (m1A22) methyltransferase in complex with S-adenosyl-L-methionine
著者: Ta, M.H. / Kim, K.K.
履歴
登録2009年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9661
ポリマ－24,9661
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.807, 58.668, 142.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SAM-dependent methyltransferase / putative tRNA (m1A22) methyltransferase


分子量: 24965.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1610 / プラスミド: pVFT3S / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q97PJ9, UniProt: A0A0H2UR54*PLUS, EC: 2.1.1.36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate pH5.6, 0.2M sodium/potassium tartrate, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97888, 0.97917, 0.96395
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978881
20.979171
30.963951
反射解像度: 2→71.43 Å / Num. obs: 20787

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→71.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.969 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1064 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 20787 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.46 Å2 / Biso mean: 28.211 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---3.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→71.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1735 0 0 185 1920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.9742377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0755221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73225.30183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.6815338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6111511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9731.51097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6721759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0813668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8094.5618
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 81 -
Rwork0.235 1410 -
all-1491 -
obs--99.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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