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万見
- PDB-3kq4: Structure of Intrinsic Factor-Cobalamin bound to its receptor Cubilin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kq4
タイトルStructure of Intrinsic Factor-Cobalamin bound to its receptor Cubilin
要素
  • Cubilin
  • Gastric intrinsic factor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / Cobalt / Cobalt transport / Disease mutation / Disulfide bond / Glycoprotein / Secreted / Transport / Cholesterol metabolism / Cobalamin / EGF-like domain / Endocytosis / Endosome / Lipid metabolism / Lysosome / Membrane / Protein transport / Receptor / Steroid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CBLIF causes IFD / Defective AMN causes MGA1 / Defective CUBN causes MGA1 / cargo receptor ligand activity / cobalamin metabolic process / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / HDL clearance / extrinsic component of external side of plasma membrane / cobalamin transport / cobalt ion transport ...Defective CBLIF causes IFD / Defective AMN causes MGA1 / Defective CUBN causes MGA1 / cargo receptor ligand activity / cobalamin metabolic process / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / HDL clearance / extrinsic component of external side of plasma membrane / cobalamin transport / cobalt ion transport / Vitamin D (calciferol) metabolism / tissue homeostasis / cobalamin binding / cargo receptor activity / lipoprotein transport / microvillus membrane / microvillus / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / establishment of localization in cell / response to bacterium / brush border membrane / signaling receptor activity / receptor complex / endosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Spermadhesin, CUB domain / EGF domain / EGF domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 ...Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Spermadhesin, CUB domain / EGF domain / EGF domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Glycosyltransferase - #20 / Spermadhesin, CUB domain superfamily / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Beta Complex / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Cubilin / Cobalamin binding intrinsic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Andersen, C.B.F. / Madsen, M. / Moestrup, S.K. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis for receptor recognition of vitamin-B(12)-intrinsic factor complexes.
著者: Andersen, C.B. / Madsen, M. / Storm, T. / Moestrup, S.K. / Andersen, G.R.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.32018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gastric intrinsic factor
B: Cubilin
C: Gastric intrinsic factor
D: Cubilin
E: Gastric intrinsic factor
F: Cubilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,19051
ポリマ－283,3356
非ポリマー15,85645
水00
1
A: Gastric intrinsic factor
B: Cubilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,73017
ポリマ－94,4452
非ポリマー5,28515
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area39900 Å2
手法PISA
2
C: Gastric intrinsic factor
D: Cubilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,73017
ポリマ－94,4452
非ポリマー5,28515
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area39890 Å2
手法PISA
3
E: Gastric intrinsic factor
F: Cubilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,73017
ポリマ－94,4452
非ポリマー5,28515
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area39900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.684, 204.179, 410.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain B and (resseq 932:1388 )
211chain D and (resseq 932:1388 )
311chain F and (resseq 932:1388 )
112chain A and (resseq 7:281 or resseq 290:399 )
212chain C and (resseq 7:281 or resseq 290:399 )
312chain E and (resseq 7:281 or resseq 290:399 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Gastric intrinsic factor / Intrinsic factor / INF / IF


分子量: 42815.770 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 25-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIF, IFMH / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27352
#2: タンパク質 Cubilin / Intrinsic factor-cobalamin receptor / Intrinsic factor-vitamin B12 receptor / 460 kDa receptor / ...Intrinsic factor-cobalamin receptor / Intrinsic factor-vitamin B12 receptor / 460 kDa receptor / Intestinal intrinsic factor receptor


分子量: 51629.082 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 932-1388 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUBN, IFCR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O60494

-
糖 , 3種, 30分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 15分子

#6: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細GLN TO HIS SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P27352

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.7 %

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA10.9
シンクロトロンMAX II I911-321.8
検出器
ID日付
12009年2月20日
2
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.81
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 74572 / Num. obs: 72280 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.5

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→47.848 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 1102 1.52 %
Rwork0.2109 --
obs0.2114 72265 96.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.419 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19764 0 1029 0 20793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01321450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9329349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.39812915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1383324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073660
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B3640X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D3640X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
13F3640X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
21A2737X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C2737X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
23E2737X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.45010.35651700.28738921X-RAY DIFFRACTION98
3.4501-3.6320.30781780.26178797X-RAY DIFFRACTION98
3.632-3.85940.2682700.23179008X-RAY DIFFRACTION98
3.8594-4.15730.21321070.1988977X-RAY DIFFRACTION98
4.1573-4.57530.1834950.17328902X-RAY DIFFRACTION97
4.5753-5.23670.21811290.17368866X-RAY DIFFRACTION97
5.2367-6.5950.2371750.19878826X-RAY DIFFRACTION96
6.595-47.85280.22321780.21058866X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -55.3989 Å / Origin y: 15.1433 Å / Origin z: -49.3363 Å
111213212223313233
T0.4521 Å2-0.0535 Å2-0.0508 Å2-0.3465 Å2-0.0028 Å2--0.4564 Å2
L0.0141 °2-0.0965 °20.0719 °2-0.1055 °2-0.1007 °2--0.4342 °2
S0.0062 Å °-0.0196 Å °-0.01 Å °-0.0661 Å °-0.0344 Å °0.0069 Å °-0.0361 Å °-0.0347 Å °0.0254 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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