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- PDB-3kpd: Crystal Structure of the CBS domain pair of protein MJ0100 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kpd
タイトルCrystal Structure of the CBS domain pair of protein MJ0100 in complex with 5 -methylthioadenosine and S-adenosyl-L-methionine.
要素Uncharacterized protein MJ0100
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CBS domain / s-adenosylmethionine / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


L-aspartate semialdehyde sulfurtransferase / methionine biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Homocysteine biosynthesis enzyme, sulfur-incorporation / L-aspartate semialdehyde sulfurtransferase MA1821-like / Homocysteine biosynthesis enzyme, sulfur-incorporation / : / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Homocysteine biosynthesis enzyme, sulfur-incorporation / L-aspartate semialdehyde sulfurtransferase MA1821-like / Homocysteine biosynthesis enzyme, sulfur-incorporation / : / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / L-aspartate semialdehyde sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Lucas, M. / Oyenarte, I. / Garcia, I.G. / Arribas, E.A. / Encinar, J.A. / Kortazar, D. / Fernandez, J.A. / Mato, J.M. / Martinez-Chantar, M.L. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Binding of S-Methyl-5'-Thioadenosine and S-Adenosyl-l-Methionine to Protein MJ0100 Triggers an Open-to-Closed Conformational Change in Its CBS Motif Pair.
著者: Lucas, M. / Encinar, J.A. / Arribas, E.A. / Oyenarte, I. / Garcia, I.G. / Kortazar, D. / Fernandez, J.A. / Mato, J.M. / Martinez-Chantar, M.L. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2009年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ0100
B: Uncharacterized protein MJ0100
C: Uncharacterized protein MJ0100
D: Uncharacterized protein MJ0100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,42711
ポリマ－54,1434
非ポリマー2,2847
水00
1
A: Uncharacterized protein MJ0100
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein MJ0100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2616
ポリマ－27,0722
非ポリマー1,1894
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area4280 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein MJ0100
C: Uncharacterized protein MJ0100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1665
ポリマ－27,0722
非ポリマー1,0943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
3
D: Uncharacterized protein MJ0100
ヘテロ分子

D: Uncharacterized protein MJ0100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2616
ポリマ－27,0722
非ポリマー1,1894
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.671, 165.794, 122.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ0100


分子量: 13535.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0100 / プラスミド: pET101D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57564
#2: 化合物
ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 10% PEG 6000, 0.1 M TRIS pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器日付: 2009年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.9 Å / Num. all: 13555 / Num. obs: 12845

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0072 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / 最高解像度: 2.91 Å / SU B: 21.163 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.545 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3343 670 5 %RANDOM
Rwork0.2341 ---
obs0.2388 12845 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.53 Å20 Å20 Å2
2---4.08 Å20 Å2
3---2.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3733 0 154 0 3887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6072.0065400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.025482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.97625144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.09615720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5731516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6721.52407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26523963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56231558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8024.51433
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.909→2.985 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.522 41 -
Rwork0.251 888 -
obs--95.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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