PDB-3kpa: Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme from Leishmania major ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kpa

タイトル

Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme from Leishmania major (probable)

要素

probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme

キーワード

LIGASE / UBL CONJUGATION PATHWAY / Structural Genomics / PSI / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein ufmylation / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Han, G.W. / Le Trong, I. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme from Leishmania major (probable)
著者: Merritt, E.A. / Le Trong, I. / Han, G.W. / Anderson, L. / Napuli, A. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, L.M.J. / Hol, W.G.J.

履歴

登録	2009年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kpa.cif.gz	106.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kpa.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kpa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kpa_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kpa_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	3kpa_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	3kpa_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/3kpa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/3kpa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2in1 PDB 未公開エントリS 2k07 2z6o 3evx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dtd-11 3dtd-13 1o6d-d 3wu6-7 4c94-5 6cd8-1 3dtd-18 3dtd-10 3dtd-12 3evx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj001866AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme

B: probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme

C: probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme

59.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.274, 34.133, 126.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.320, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	probable Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme 分子量: 19809.695 Da / 分子数: 3 / 変異: I152M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncleaved 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LmjF15.1250 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR / 参照: UniProt: Q4QF57
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: protein buffer 25 mM HEPES pH 7.5, 120 mM NaCl; crystallization buffer 100 mM Na Cacodylate, 300 mM Ammonium Sulfate,, 30% PEG 4000, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9784 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月12日
放射	プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 23133 / Num. obs: 23133 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 30.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.37 Å / R_merge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1776 / % possible all: 70.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2in1

2in1
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / WR_factor R_free: 0.272 / WR_factor R_work: 0.212 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.788 / SU B: 16.939 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.384 / SU R_free: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1187	5.1 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.217	23096	91.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 32.14 Å² / B_iso mean: 12.42 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0 Å²	0.54 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3828	0	0	41	3869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.952	5405
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3	6659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.359	5	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.802	23.314	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.091	15	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.469	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.425	1.5	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.089	1.5	934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.804	2	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.347	3	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.124	4.5	1573

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	77	-
R_work	0.243	1236	-
all	-	1313	-
obs	-	-	70.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.8386	-4.2022	-2.5814	8.5358	1.5721	4.8507	0.0737	-0.1695	0.7261	-0.1083	-0.1715	0.0784	-0.3222	-0.2856	0.0978	0.3458	-0.006	0.0007	0.0803	0.0021	0.0857	16.201	6.51	59.126
2	1.1382	-0.0355	1.0605	2.5867	0.107	2.7227	0.2436	-0.1389	0.0379	0.0094	-0.1766	0.1996	0.2182	-0.311	-0.067	0.2915	-0.0002	0.0409	0.0707	-0.0015	0.0755	10.819	-2.486	60.089
3	2.3668	1.0055	1.3586	4.4201	-0.4329	2.9671	0.0627	0.1242	-0.0247	-0.5788	-0.0414	0.4184	0.1145	-0.2777	-0.0213	0.4202	0.0639	-0.0827	0.2249	-0.0314	0.1863	6.352	-2.127	45.532
4	2.7913	0.474	0.9509	2.8138	1.0517	2.8866	-0.015	0.1292	0.1451	-0.5207	-0.1361	0.6556	-0.3058	-0.5622	0.1511	0.3992	0.0901	-0.0723	0.197	-0.0174	0.2176	3.29	3.81	47.824
5	5.9308	1.3542	0.9601	6.3531	0.0101	5.5906	0.035	-0.0964	0.5397	-0.0198	-0.2061	0.0942	-0.2904	-0.0107	0.1711	0.4207	0.0083	0.075	0.0096	-0.0141	0.0904	-0.522	16.813	3.429
6	3.8619	1.5172	3.7759	5.3838	1.3441	4.605	0.0443	0.0746	0.0848	0.0371	-0.1214	-0.3901	0.3184	0.397	0.0772	0.3498	0.0616	0.058	0.1274	0.0108	0.0798	7.326	8.333	8.234
7	2.0411	-1.3564	1.6668	4.2372	-0.3055	4.8665	-0.2654	-0.167	0.0133	0.7226	0.1209	-0.2076	0.088	-0.0103	0.1444	0.4886	0.0339	0.0225	0.1647	0.0351	0.1547	3.644	9.399	21.123
8	3.0432	-1.7567	0.7836	3.9118	-2.3398	2.2329	-0.3911	-0.3918	0.2243	0.788	0.1663	-0.5682	-0.6777	0.301	0.2248	0.5584	0.0244	-0.0249	0.2479	-0.0516	0.2152	5.649	17.529	19.821
9	8.0332	-1.6552	3.1639	5.2679	-5.0209	19.6376	0.4337	0.6441	0.1511	-0.507	-0.3011	-0.1283	0.2134	-0.0489	-0.1326	0.5376	0.0354	0.1833	0.3024	-0.1163	0.1659	-13.92	28.3	17.45
10	5.3929	0.3081	-5.5843	2.1191	-1.5547	10.7095	-0.4037	0.7217	-0.7306	-0.2501	-0.1678	0.0284	0.3376	-0.9191	0.5716	0.4803	0.0703	0.128	0.267	-0.1271	0.2942	-22.999	23.308	24.634
11	11.1696	3.9188	-7.7264	4.3115	-0.2319	7.8427	0.4792	0.0549	0.1244	-0.1293	-0.1543	-0.227	-0.8758	-0.2808	-0.3249	0.5862	0.1922	0.0872	0.2492	-0.0051	0.257	-24.323	34.546	34.495
12	7.6552	0.5334	-11.5149	0.9488	0.2234	18.5945	0.0455	-0.6324	-0.1791	-0.0139	0.0024	-0.1676	-0.2908	0.9509	-0.0478	0.4321	0.166	0.1487	0.295	0.0721	0.2239	-20.057	27.322	34.447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	29 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	40 - 63
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	64 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	118 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 28
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	29 - 96
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	97 - 124
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	125 - 160

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関連情報:EMDBヘッダ

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