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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ko9 | ||||||
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タイトル | DTD from Plasmodium falciparum in complex with D-Arginine | ||||||
![]() | D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / DTD / DEACYLASE / D-ARGININE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Gly-tRNA(Ala) hydrolase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / tRNA binding / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manickam, Y. / Bhatt, T.K. / Sharma, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ligand-bound Structures Provide Atomic Snapshots for the Catalytic Mechanism of D-Amino Acid Deacylase 著者: Bhatt, T.K. / Yogavel, M. / Wydau, S. / Berwal, R. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 485 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 505.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19233.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 3D7 / 遺伝子: dtd / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8IIS0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-DAR / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / Mosaicity: 0.635 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 24028 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.139 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Num. unique all: 2303 / Χ2: 1.406 / % possible all: 94.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PfDTD-Iodide model (not deposited) 解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 18.533 / SU ML: 0.369 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.446 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.17 Å2 / Biso mean: 74.366 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.751→2.822 Å / Total num. of bins used: 20
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