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- PDB-3knt: Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii 8-oxoguanine g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3knt
タイトルCrystal structure of Methanocaldococcus jannaschii 8-oxoguanine glycosylase/lyase in complex with 15mer DNA containing 8-oxoguanine
要素
  • 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
  • N-glycosylase/DNA lyase
キーワードHYDROLASE / LYASE/DNA / protein-DNA complex / OGG / HELIX-HAIRPIN-HELIX / GLYCOSYLASE / 8-OXOGUANINE / 8-OXOG / DNA repair / DNA damage / Glycosidase / Multifunctional enzyme / Nuclease / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair
類似検索 - 分子機能
8-oxoguanine DNA glycosylase/AP lyase Ogg / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase ...8-oxoguanine DNA glycosylase/AP lyase Ogg / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / 8-oxoguanine DNA glycosylase/AP lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Faucher, F. / Doublie, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The C-terminal Lysine of Ogg2 DNA Glycosylases is a Major Molecular Determinant for Guanine/8-Oxoguanine Distinction.
著者: Faucher, F. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2009年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-glycosylase/DNA lyase
B: N-glycosylase/DNA lyase
C: N-glycosylase/DNA lyase
D: N-glycosylase/DNA lyase
E: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
G: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
J: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
K: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
L: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,35116
ポリマ－136,25912
非ポリマー924
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N-glycosylase/DNA lyase
E: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0884
ポリマ－34,0653
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
3
B: N-glycosylase/DNA lyase
G: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0884
ポリマ－34,0653
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
4
C: N-glycosylase/DNA lyase
I: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
J: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0884
ポリマ－34,0653
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
5
D: N-glycosylase/DNA lyase
K: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
L: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0884
ポリマ－34,0653
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.800, 150.030, 90.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
N-glycosylase/DNA lyase / 8-oxoguanine DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 24868.801 Da / 分子数: 4 / 断片: MjaOGG / 変異: K129Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: 1451601, MJ0724, ogg / プラスミド: pET-22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566(fpg-)
参照: UniProt: Q58134, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖
5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4545.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#3: DNA鎖
5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 4650.021 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG-8000 16%, 0.1M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月15日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUS K-B PAIR SI PLUS PT, RH COATINGS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.8 Å / Num. all: 38203 / Num. obs: 37810 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.82 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.58
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.87 % / Rmerge(I) obs: 0.01044 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique all: 14919 / Rsym value: 0.817 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FHF

3fhf


解像度: 2.7→19.8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 1899 5.02 %random in each twin domains
Rwork0.1883 ---
obs0.1901 37810 99.34 %-
all-38203 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.08 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6988 2299 4 35 9326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98413464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6153870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7490.3441810.30751910X-RAY DIFFRACTION98
2.749-2.80170.35221010.30941843X-RAY DIFFRACTION98
2.8017-2.85870.353920.29961916X-RAY DIFFRACTION98
2.8587-2.92070.30221260.2831859X-RAY DIFFRACTION98
2.9207-2.98840.337910.26731900X-RAY DIFFRACTION98
2.9884-3.06290.30211040.26031870X-RAY DIFFRACTION98
3.0629-3.14540.26691000.23181883X-RAY DIFFRACTION98
3.1454-3.23760.2529970.23181924X-RAY DIFFRACTION98
3.2376-3.34160.2529930.22311865X-RAY DIFFRACTION98
3.3416-3.46040.2251140.20911889X-RAY DIFFRACTION98
3.4604-3.59820.22431000.19291893X-RAY DIFFRACTION98
3.5982-3.76090.20121120.17921865X-RAY DIFFRACTION98
3.7609-3.95770.2003980.17631902X-RAY DIFFRACTION98
3.9577-4.20350.1807860.16711881X-RAY DIFFRACTION98
4.2035-4.52450.18891080.1511897X-RAY DIFFRACTION98
4.5245-4.97330.1605920.15181896X-RAY DIFFRACTION98
4.9733-5.67810.2338960.16691900X-RAY DIFFRACTION98
5.6781-7.09890.26041030.19161896X-RAY DIFFRACTION98
7.0989-19.84040.1915990.15021928X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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