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- PDB-3knb: Crystal structure of the titin C-terminus in complex with obscuri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3knb
タイトルCrystal structure of the titin C-terminus in complex with obscurin-like 1
要素
  • Obscurin-like protein 1
  • Titin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/STRUCTURAL PROTEIN / Ig-like / titin / obscurin / obsl1 / ATP-binding / Calmodulin-binding / Cardiomyopathy / Disease mutation / Immunoglobulin domain / Kinase / Limb-girdle muscular dystrophy / Magnesium / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / STRUCTURAL PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3M complex / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / protein localization to Golgi apparatus / detection of muscle stretch / protein kinase A signaling / muscle alpha-actinin binding ...3M complex / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / protein localization to Golgi apparatus / detection of muscle stretch / protein kinase A signaling / muscle alpha-actinin binding / cytoskeletal anchor activity / cardiac myofibril assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle hypertrophy / cardiac muscle tissue morphogenesis / actinin binding / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / regulation of mitotic nuclear division / Golgi organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / intercalated disc / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / muscle contraction / cytoskeleton organization / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / microtubule cytoskeleton organization / Z disc / response to calcium ion / actin filament binding / Platelet degranulation / Neddylation / protease binding / protein tyrosine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...: / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Obscurin-like protein 1 / Titin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sauer, F. / Vahokoski, J. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2010
タイトル: Molecular basis of the head-to-tail assembly of giant muscle proteins obscurin-like 1 and titin.
著者: Sauer, F. / Vahokoski, J. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2009年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年12月1日ID: 3IRG
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Titin
B: Obscurin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8213
ポリマ－21,7242
非ポリマー961
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.910, 60.910, 42.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 10746.997 Da / 分子数: 1 / 断片: titin, C-terminal domain M10, resideus 34253-34350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Obscurin-like protein 1


分子量: 10977.501 Da / 分子数: 1 / 断片: obscurin-like 1, N-terminal domain, residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0657, OBSL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75147
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.99184, 0.91740, 0.91706
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.991841
20.91741
30.917061
反射解像度: 1.4→19.53 Å / Num. all: 34358 / Num. obs: 34179 / % possible obs: 99.5 %
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Num. unique all: 2514 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→19.53 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 1711 5.01 %RANDOM
Rwork0.1637 ---
obs0.1653 34177 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.43 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 5 266 1684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0862280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.584609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4001-1.45010.28021710.22793270X-RAY DIFFRACTION100
1.4501-1.50810.27391840.20593213X-RAY DIFFRACTION100
1.5081-1.57670.28311700.1913263X-RAY DIFFRACTION100
1.5767-1.65980.21851730.1753212X-RAY DIFFRACTION100
1.6598-1.76380.24261640.16883292X-RAY DIFFRACTION99
1.7638-1.89980.22991740.16433219X-RAY DIFFRACTION99
1.8998-2.09080.19881660.14953251X-RAY DIFFRACTION100
2.0908-2.39290.18671460.1553266X-RAY DIFFRACTION99
2.3929-3.0130.19381730.16723243X-RAY DIFFRACTION99
3.013-19.53270.16181900.15073237X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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