[日本語] English
万見
- PDB-3kmv: Crystal structure of CBM42A from Clostridium thermocellum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kmv
タイトルCrystal structure of CBM42A from Clostridium thermocellum
要素Alpha-L-arabinofuranosidase B
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / protein:carboydrate interactions / carbohydrate-binding module / beta-trefoil fold / CBM42
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinose metabolic process / alpha-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. ...Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Alpha-L-arabinofuranosidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Santos-Silva, T. / Alves, V.D. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Family 42 carbohydrate-binding modules display multiple arabinoxylan-binding interfaces presenting different ligand affinities.
著者: Ribeiro, T. / Santos-Silva, T. / Alves, V.D. / Dias, F.M. / Luis, A.S. / Prates, J.A. / Ferreira, L.M. / Romao, M.J. / Fontes, C.M.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-arabinofuranosidase B
B: Alpha-L-arabinofuranosidase B
C: Alpha-L-arabinofuranosidase B
D: Alpha-L-arabinofuranosidase B
E: Alpha-L-arabinofuranosidase B
F: Alpha-L-arabinofuranosidase B
G: Alpha-L-arabinofuranosidase B
H: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,80742
ポリマ－146,0008
非ポリマー1,80734
水15,547863
1
A: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5667
ポリマ－18,2501
非ポリマー3166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4746
ポリマ－18,2501
非ポリマー2245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5667
ポリマ－18,2501
非ポリマー3166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3823
ポリマ－18,2501
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4745
ポリマ－18,2501
非ポリマー2244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4284
ポリマ－18,2501
非ポリマー1783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4876
ポリマ－18,2501
非ポリマー2375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4284
ポリマ－18,2501
非ポリマー1783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.370, 106.370, 237.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Alpha-L-arabinofuranosidase B


分子量: 18250.061 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0015 / プラスミド: Pet21A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A3DBC8

-
非ポリマー , 5種, 897分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 2.1M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月21日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→237.564 Å / Num. obs: 144547 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 191837 / Num. unique all: 20870 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.32 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.22 Å
Translation2.5 Å45.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WD3

1wd3


解像度: 1.8→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.192 / WRfactor Rwork: 0.162 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.899 / SU B: 4.186 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / SU Rfree: 0.096 / Isotropic thermal model: isotropic and anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 7239 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
all0.192 ---
obs0.16 144449 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.8 Å2 / Biso mean: 9.877 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9058 0 105 863 10026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0229712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1211.95213244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.31951194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.47424.1539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15151551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7621563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.21385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0217719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2931.55717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01929268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23333995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8324.53923
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 529 -
Rwork0.201 9964 -
all-10493 -
obs--99.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.961-1.38490.66361.293-0.40142.33260.0049-0.1113-0.011-0.03360.0190.0069-0.04250.0694-0.0240.01310.0037-0.01470.0548-0.00670.0373-10.829-22.648-27.966
20.83170.13930.42363.92450.82522.6428-0.0713-0.021-0.0096-0.18440.1473-0.0026-0.0841-0.0298-0.0760.0446-0.0112-0.01580.02320.00380.0249-28.282-4.06-51.196
33.8762-1.04340.30171.3232-0.03012.47620.0198-0.10470.0376-0.048-0.00020.0397-0.0985-0.0838-0.01970.02450.0283-0.02240.0623-0.01320.0451-35.92920.637-28.062
43.8004-0.92560.83742.36-1.47733.5948-0.0309-0.3091-0.05750.1459-0.04310.01040.14790.01090.0740.0354-0.01610.00010.1275-0.02460.0498-63.18818.379-7.81
55.2466-1.27852.57742.463-2.1295.07780.0909-0.3894-0.32460.06270.05070.08990.0439-0.2302-0.14160.0094-0.012-0.01390.11640.03610.0478-9.78918.912-8.265
65.062-0.96730.49082.763-1.53143.9372-0.1353-0.3519-0.22130.21370.05980.13470.1522-0.17930.07560.0490.00110.02640.12510.03220.0738-38.432-26.262-8.511
73.1934-1.2171.46951.4442-0.74913.79120.0837-0.1636-0.0922-0.0908-0.0146-0.04220.1165-0.0283-0.06910.06360.0164-0.00950.0531-0.00690.0817-64.02-21.168-28.275
83.3792-2.03892.33494.94030.16163.34790.18140.21610.003-0.2272-0.1999-0.06070.01370.03970.01840.07970.03920.00280.07410.03850.0703-30.0170.2828.243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5E7 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6F9 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7G8 - 146
8X-RAY DIFFRACTION8H7 - 145

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る