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- PDB-3klo: Vibrio cholerae VpsT bound to c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3klo
タイトルVibrio cholerae VpsT bound to c-di-GMP
要素Transcriptional regulator VpsT
キーワードTRANSCRIPTION / REC domain / HTH domain / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / nucleotide binding / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / VpsT-like, receiver domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...: / VpsT-like, receiver domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / D(-)-TARTARIC ACID / Transcriptional regulator, LuxR family
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Krasteva, P.V. / Navarro, V.A.S. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Vibrio cholerae VpsT Regulates Matrix Production and Motility by Directly Sensing Cyclic di-GMP.
著者: Krasteva, P.V. / Fong, J.C. / Shikuma, N.J. / Beyhan, S. / Navarro, M.V. / Yildiz, F.H. / Sondermann, H.
履歴
登録2009年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator VpsT
B: Transcriptional regulator VpsT
C: Transcriptional regulator VpsT
D: Transcriptional regulator VpsT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,93410
ポリマ－103,8724
非ポリマー3,0626
水88349
1
A: Transcriptional regulator VpsT
ヘテロ分子

B: Transcriptional regulator VpsT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4675
ポリマ－51,9362
非ポリマー1,5313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z+1/41
Buried area1940 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator VpsT
ヘテロ分子

D: Transcriptional regulator VpsT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4675
ポリマ－51,9362
非ポリマー1,5313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444y-1/2,-x-1/2,z-1/41
Buried area2450 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.703, 121.703, 208.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator VpsT


分子量: 25968.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 El Tor / 遺伝子: VCA0952, VC_A0952 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KKZ8
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris-Cl, 0.8M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 3-5% PEG-MME 5000, 8-12% Xylitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 60780 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 14.5 % / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 6048 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 2009_02_15_2320_3)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KLN

3kln


解像度: 2.802→47.862 Å / SU ML: 2.39 / σ(F): 0.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2904 3197 5.26 %Random
Rwork0.2459 ---
obs0.2483 60780 82.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.909 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→47.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6649 0 204 49 6902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0499471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4822715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8021-2.8440.37821230.32662140X-RAY DIFFRACTION71
2.844-2.88840.3831270.31862173X-RAY DIFFRACTION72
2.8884-2.93580.32651210.31972250X-RAY DIFFRACTION74
2.9358-2.98640.38641250.30052252X-RAY DIFFRACTION74
2.9864-3.04070.30011380.29812288X-RAY DIFFRACTION77
3.0407-3.09910.32781370.28392369X-RAY DIFFRACTION78
3.0991-3.16240.30581350.28182422X-RAY DIFFRACTION81
3.1624-3.23110.31761380.27332514X-RAY DIFFRACTION83
3.2311-3.30630.28511380.28662535X-RAY DIFFRACTION84
3.3063-3.38890.28761380.26122574X-RAY DIFFRACTION85
3.3889-3.48050.32821520.25842507X-RAY DIFFRACTION83
3.4805-3.58290.32881290.25162421X-RAY DIFFRACTION80
3.5829-3.69850.32871520.25262785X-RAY DIFFRACTION92
3.6985-3.83070.32921400.21452614X-RAY DIFFRACTION86
3.8307-3.9840.19131300.21292447X-RAY DIFFRACTION81
3.984-4.16520.22391400.19812526X-RAY DIFFRACTION84
4.1652-4.38460.26011490.20432676X-RAY DIFFRACTION88
4.3846-4.65910.30231430.17862655X-RAY DIFFRACTION88
4.6591-5.01850.20341560.1792655X-RAY DIFFRACTION89
5.0185-5.52290.28111450.20162683X-RAY DIFFRACTION88
5.5229-6.32050.30971430.24312693X-RAY DIFFRACTION89
6.3205-7.95730.27931520.24532747X-RAY DIFFRACTION91
7.9573-47.86910.25821460.2662657X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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