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- PDB-3kkj: X-ray structure of P. syringae q888a4 Oxidoreductase at resolutio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kkj
タイトルX-ray structure of P. syringae q888a4 Oxidoreductase at resolution 2.5A, Northeast Structural Genomics Consortium target PsR10
要素Amine oxidase, flavin-containing
キーワードOXIDOREDUCTASE / PSR10 / Q888A4 / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


renalase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / NAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Bacterial renalase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Renalase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Vorobiev, S. / Acton, T. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of P. syringae q888a4 Oxidoreductase at resolution 2.5A, Northeast Structural Genomics Consortium target PsR10
著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Vorobiev, S. / Acton, T. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, T.
履歴
登録2009年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2009年12月1日ID: 1YVV
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase, flavin-containing
B: Amine oxidase, flavin-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3214
ポリマ－74,7502
非ポリマー1,5712
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.698, 120.698, 114.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Amine oxidase, flavin-containing


分子量: 37374.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
遺伝子: PSPTO1126, PSPTO_1126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3).MAGIC / 参照: UniProt: Q888A4
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 100MM SODIUM ACETATE, 2000MM SODIUM FORMATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97925
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 64481 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 38.85 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_115)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 3119 4.96 %
Rwork0.227 --
obs0.234 62823 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.32 Å20 Å20 Å2
2--2.32 Å20 Å2
3----4.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5048 0 106 174 5328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6417244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.6181920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4971-2.53610.37191290.31352374X-RAY DIFFRACTION85
2.5361-2.57760.35631390.31992563X-RAY DIFFRACTION93
2.5776-2.6220.39081480.32592697X-RAY DIFFRACTION94
2.622-2.66970.36941250.31732629X-RAY DIFFRACTION94
2.6697-2.7210.38871280.34822645X-RAY DIFFRACTION96
2.721-2.77650.42851360.33182720X-RAY DIFFRACTION96
2.7765-2.83680.39891530.30072641X-RAY DIFFRACTION96
2.8368-2.90280.34091430.29422719X-RAY DIFFRACTION97
2.9028-2.97530.38861390.28382763X-RAY DIFFRACTION97
2.9753-3.05570.33461020.26992760X-RAY DIFFRACTION98
3.0557-3.14550.29981280.25042778X-RAY DIFFRACTION98
3.1455-3.24690.31871670.26232740X-RAY DIFFRACTION99
3.2469-3.36280.31831790.2592761X-RAY DIFFRACTION99
3.3628-3.49720.33481410.25982746X-RAY DIFFRACTION99
3.4972-3.65610.36161600.23632809X-RAY DIFFRACTION99
3.6561-3.84850.26481440.21462745X-RAY DIFFRACTION99
3.8485-4.08910.26291540.18772794X-RAY DIFFRACTION99
4.0891-4.40390.18951410.16022804X-RAY DIFFRACTION100
4.4039-4.84530.20821500.14152782X-RAY DIFFRACTION99
4.8453-5.54250.18091550.15772796X-RAY DIFFRACTION99
5.5425-6.96820.24091380.17362714X-RAY DIFFRACTION98
6.9682-29.78610.18661200.17932724X-RAY DIFFRACTION96
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3fad.cns_par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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