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- PDB-3kjg: ADP-bound state of CooC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kjg
タイトルADP-bound state of CooC1
要素CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC
キーワードHYDROLASE / METAL BINDING PROTEIN / ADP-bound dimer / nickel binding protein / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell division / cytoplasmic side of plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nickel insertion ATPase/GTPase (CO dehydrogenase maturation factor), CooC type / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / : / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the ATP-Dependent Maturation Factor of Ni,Fe-Containing Carbon Monoxide Dehydrogenases
著者: Jeoung, J.H. / Giese, T. / Grunwald, M. / Dobbek, H.
履歴
登録2009年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC
B: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8484
ポリマ－55,9932
非ポリマー8542
水4,089227
1
A: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4242
ポリマ－27,9971
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC
ヘテロ分子

B: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8484
ポリマ－55,9932
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.690, 241.190, 72.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-277-

HOH

21B-318-

HOH

詳細Biological oligomeric state is monomer and dimer equilibrium

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要素

#1: タンパク質 CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, accessory protein CooC


分子量: 27996.701 Da / 分子数: 2 / 断片: CooC1 ATPase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
株: Z-2901 / 遺伝子: CHY_1220, cooC1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3ACS5
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.2 M lithium citrate tribasic, 14% PEG3350, 5% Glycerol, 1 mM ADP, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月11日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 29710 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.64 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1486 5 %
Rwork0.232 --
obs-29710 99.5 %
溶媒の処理Bsol: 45.289 Å2
原子変位パラメータBiso max: 157.37 Å2 / Biso mean: 49.622 Å2 / Biso min: 15.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.606 Å20 Å20 Å2
2---6.466 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3918 0 54 227 4199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.497
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4PRODRG-ADP.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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