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万見
- PDB-3kii: AGAO 5-phenoxy-2,3-pentadienylamine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kii
タイトルAGAO 5-phenoxy-2,3-pentadienylamine complex
要素Phenylethylamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CuAO / amine oxidase / arthrobacter globiformis / copper containing / metal-binding / TPQ / quinone / inhibition / 5-phenoxy-2 / 3-pentadienylamine / disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain ...Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nguyen, Y.H. / Ernberg, K.E. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: AGAO 5-phenoxy-2,3-pentadienylamine complex
著者: Nguyen, Y.H. / Ernberg, K.E. / Guss, J.M.
履歴
登録2009年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethylamine oxidase
B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,35620
ポリマ－143,8782
非ポリマー1,47818
水15,907883
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17820 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area39640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.714, 62.984, 158.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase


分子量: 71939.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
株: ATCC8010,IFO12137
解説: THE CONSTRUCT THAT WAS CRYSTALLIZED ENCODES RESIDUES 3-628 OF PHENYLETHYLAMINE OXIDASE AND A PRE-TAG SPACER(RESIDUE 639-640) AND A STREP-TAG II (RESIDUE 641-648). SEE REFERENCE JUDA ET AL. ...解説: THE CONSTRUCT THAT WAS CRYSTALLIZED ENCODES RESIDUES 3-628 OF PHENYLETHYLAMINE OXIDASE AND A PRE-TAG SPACER(RESIDUE 639-640) AND A STREP-TAG II (RESIDUE 641-648). SEE REFERENCE JUDA ET AL. (2001) PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 22, 455-461
遺伝子: PAOX / プラスミド: PET-3C (Novagen), PAGAO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase

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非ポリマー , 5種, 901分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE C-TERMINAL OF SEQUENCE, SNWSHPQFEK, IS A PRE-TAG SPACER (RESIDUE 639-640) AND A STREP-TAG II ...THE C-TERMINAL OF SEQUENCE, SNWSHPQFEK, IS A PRE-TAG SPACER (RESIDUE 639-640) AND A STREP-TAG II (RESIDUE 641-648).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 % / Mosaicity: 0.604 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 150mM Na Citrate pH 7.0, 800mM (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月14日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 131273 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.309 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.109 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allNum. unique obsΧ2% possible all
1.9-1.973.60.35613143101.1299.7
1.97-2.053.70.278131661.133100
2.05-2.143.80.234131961.143100
2.14-2.253.90.179132571.174100
2.25-2.393.90.144131541.097100
2.39-2.5840.123132051.109100
2.58-2.8440.095132781.09299.9
2.84-3.2540.072132541.06299.8
3.25-4.093.80.053130561.06297.8
4.09-503.70.039125641.10192.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1sih

1sih


解像度: 1.9→12.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.18 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 6.67 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / SU Rfree: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 6538 5 %RANDOM
Rwork0.174 124675 --
obs0.176 124675 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.44 Å2 / Biso mean: 36.14 Å2 / Biso min: 9.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-0.42 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→12.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9664 0 84 883 10631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210072
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.95613718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8933.00116500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15951253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96123.053488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.027151520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3041596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.90626184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.62122520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75139988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9743888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.49963725
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 438 -
Rwork0.23 8967 -
all-9405 -
obs--98.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8399-0.1330.30360.4603-0.04411.01980.05710.31320.0293-0.1506-0.0913-0.0406-0.08520.20210.03410.09270.02120.02670.16480.01750.012834.901-0.32518.318
20.6828-0.0630.25010.31840.03251.0777-0.0127-0.12830.0290.0243-0.0129-0.0071-0.0969-0.1260.02570.01990.0090.00120.0651-0.00540.003124.9210.352.616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 627
2X-RAY DIFFRACTION1A701 - 702
3X-RAY DIFFRACTION2B9 - 627
4X-RAY DIFFRACTION2B701 - 702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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