PDB-3khx: Crystal structure of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sape...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3khx

タイトル

Crystal structure of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sapep/DapE) in the apo-form

要素

Putative dipeptidase SACOL1801

キーワード

HYDROLASE / Dipeptidase / DapE / Metallopeptidase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / dipeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Girish, T.S. / Gopal, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sapep) reveals large domain motions between the manganese-bound and apo-states
著者: Girish, T.S. / Gopal, B.

履歴

登録	2009年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3khx.cif.gz	331.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3khx.ent.gz	270 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3khx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3khx_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3khx_full_validation.pdf.gz	485.9 KB	表示
XML形式データ	3khx_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	3khx_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3khzC 3ki9C 1lfwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3khz-1 3khz-2 5o15-d 4huo-2 5cuq-d 5q13-d 5h31-2 4hup-2 5il5-1 2vc3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative dipeptidase SACOL1801

B: Putative dipeptidase SACOL1801

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative dipeptidase SACOL1801

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative dipeptidase SACOL1801

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.823, 134.172, 68.282
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative dipeptidase SACOL1801 / Metallopeptidase / DapE 分子量: 55339.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: dipeptidase PepV(SACOL1801) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5HF23, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: microbatch method under oil / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris, 18.0% PEG 6000, pH 6.5, Microbatch method under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→68.04 Å / Num. obs: 51315 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 52.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 7488 / R_sym value: 0.416 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1LFW

1lfw

解像度: 2.3→60.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 15.494 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2777	2605	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24557	-	-	-
obs	0.24723	48664	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.296 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.77 Å²	0 Å²	-2.43 Å²
2-	-	-3.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.09 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.242 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→60.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6534	0	0	182	6716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.947	9048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.211	5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.166	25.309	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.707	15	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.486	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.591	1.5	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.094	2	6699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.552	3	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.483	4.5	2349

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	179	-
R_work	0.294	3598	-
obs	-	3598	98.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4669	0.1905	0.2503	2.3154	0.2632	3.2445	0.1301	-0.1978	-0.0079	0.264	-0.1727	-0.1664	0.1278	0.0743	0.0426	0.0578	-0.0408	-0.0075	0.1143	0.0155	0.0186	5.934	4.0168	0.3684
2	1.8933	-2.6539	0.849	5.6898	0.9515	3.7564	-0.2682	-0.4726	0.2136	0.9338	0.2602	-0.7071	0.3953	0.1222	0.0079	0.6096	-0.1584	-0.1538	0.8573	0.1603	0.3893	9.0711	4.4801	16.0846
3	1.5225	0.0904	0.4392	5.1724	-0.9682	1.7508	0.0053	0.0295	0.1346	0.2255	0.0287	0.1503	-0.1096	0.0157	-0.0339	0.045	0.006	0.0698	0.1668	0.0202	0.1336	17.9231	17.9505	42.4685
4	2.0079	-1.0427	-0.2713	5.5104	1.2173	1.9725	0.0867	0.0904	-0.0589	-0.25	-0.0312	-0.1264	0.1452	-0.0829	-0.0555	0.0402	0.0038	-0.0034	0.123	0.0232	0.0561	13.1176	56.4836	9.214
5	2.5217	-0.5351	-0.2455	4.9389	0.9548	2.1071	0.0445	0.0329	-0.1517	0.2749	-0.1421	0.1627	0.1099	-0.2939	0.0976	0.0303	-0.007	0.028	0.09	-0.0402	0.1016	25.9117	-32.998	38.9504
6	5.919	-0.7966	2.2724	5.2601	0.4726	1.1424	0.1989	-0.9867	-0.4091	0.4325	-0.4126	1.5202	0.2544	-0.7952	0.2137	0.2452	-0.2272	0.2462	1.0324	-0.3599	0.8122	9.7191	-33.6828	38.3811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	390 - 465
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	190 - 384
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	185 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	390 - 465

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)