PDB-3kht: Crystal structure of response regulator from Hahella chejuensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kht

タイトル

Crystal structure of response regulator from Hahella chejuensis

要素

Response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Response regulator / PSI-II / 11023k / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / DNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hahella chejuensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bagaria, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of response regulator from Hahella chejuensis
著者: Bagaria, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.

履歴

登録	2009年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kht.cif.gz	40.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kht.ent.gz	28 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kht_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kht_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	3kht_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	3kht_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3kht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3kht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pag-d 5ol5-1 5xxs-1 2oqt-1 3b88-2 3h79-d 5mh0-d 3erw-5 2gte-1 2lus-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11023k

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Response regulator

ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.090, 57.090, 200.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-208- HOH

#1: タンパク質	Response regulator 分子量: 16386.117 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 13-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hahella chejuensis (バクテリア) / 株: KCTC 2396 / 遺伝子: HCH_02875 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SI73
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, 1.6M Ammonium Sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111)CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.75 Å / Num. obs: 11490 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 40 % / B_iso Wilson estimate: 41.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 41.3 % / R_merge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→39.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 5.387 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	578	4.8 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.227	11490	99.7 %	-
all	-	12140	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1034	0	0	74	1108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.965	1.944	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.04	5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.828	24.423	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.198	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.914	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.234	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.39	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.634	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.583	1.5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.549	2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.658	3	425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.509	4.5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	35	-
R_work	0.277	793	-
obs	-	-	96.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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