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万見
- PDB-3khs: Crystal structure of grouper iridovirus purine nucleoside phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khs
タイトルCrystal structure of grouper iridovirus purine nucleoside phosphorylase
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta structure / mixed beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / purine-nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Grouper iridovirus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Zhang, Y. / Allan, P.W. / Parker, W.B. / Ting, J.W. / Chang, C.Y. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure of grouper iridovirus purine nucleoside phosphorylase
著者: Kang, Y.N. / Zhang, Y. / Allan, P.W. / Parker, W.B. / Ting, J.W. / Chang, C.Y. / Ealick, S.E.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
C: Purine nucleoside phosphorylase
D: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,33612
ポリマ－121,4684
非ポリマー8688
水3,495194
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
C: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7529
ポリマ－91,1013
非ポリマー6516
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area30330 Å2
手法PISA
2
D: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

D: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子

D: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7529
ポリマ－91,1013
非ポリマー6516
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.048, 193.048, 105.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase


分子量: 30366.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grouper iridovirus (ウイルス) / 遺伝子: GIV43 / プラスミド: pET-20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834pLysS / 参照: UniProt: Q5YBA4, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15-17% PEG 1000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 275K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 58889 / Num. obs: 56658 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5946 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1ULA

1ula


解像度: 2.38→44.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 340179.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 5745 10.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.214 58889 --
obs0.214 56658 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.8847 Å2 / ksol: 0.336308 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.51 Å21.82 Å20 Å2
2---6.51 Å20 Å2
3---13.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→44.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7894 0 52 194 8140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.62.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 957 10.6 %
Rwork0.299 8056 -
obs--91.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.paramtrs.top
X-RAY DIFFRACTION5trs.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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