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万見
- PDB-3khm: Crystal structure of sterol 14alpha-demethylase (CYP51) from Tryp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khm
タイトルCrystal structure of sterol 14alpha-demethylase (CYP51) from Trypanosoma cruzi in complex with inhibitor fluconazole
要素Sterol 14 alpha-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE / CYP51 / CYTOCHROME P450 / HEME / MONOOXYGENASE / ENDOPLASMIC RETICULUM / TRANSMEMBRANE PROTEIN / STEROL BIOSYNTHESIS / LIPIDS / MEMBRANE / IRON / HEME THIOLATE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14-demethylase activity / sterol biosynthetic process / sterol 14alpha-demethylase / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-TPF / Sterol 14-alpha demethylase / Sterol 14-alpha demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lepesheva, G.I. / Hargrove, T.Y. / Anderson, S. / Wawrzak, Z. / Waterman, M.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Insights into Inhibition of Sterol 14{alpha}-Demethylase in the Human Pathogen Trypanosoma cruzi.
著者: Lepesheva, G.I. / Hargrove, T.Y. / Anderson, S. / Kleshchenko, Y. / Furtak, V. / Wawrzak, Z. / Villalta, F. / Waterman, M.R.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol 14 alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8483
ポリマ－52,9251
非ポリマー9232
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.591, 62.591, 222.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Sterol 14 alpha-demethylase


分子量: 52925.340 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-481 / 変異: F24K, N25T, T26S, T27G, R28K, P29G, T30K, D31L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: CYP51 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174
参照: UniProt: Q5I4E1, UniProt: Q7Z1V1*PLUS, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-TPF / 2-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-1,3-DI(1H-1,2,4-TRIAZOL-1-YL)PROPAN-2-OL / FLUCONAZOLE / ALPHA-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-ALPHA-(1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-YLMETHYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-ETHANOL / ELAZOR / TRIFLUCAN / BIOZOLENE


分子量: 306.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12F2N6O / コメント: 薬剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 3350, POTASSIUM FORMATE, SODIUM CHLORIDE, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月14日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 12689 / Num. obs: 12181 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 2136 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3K1O

3k1o


解像度: 2.85→28.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 46.601 / SU ML: 0.396 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27987 593 5.1 %RANDOM
Rwork0.22681 ---
obs0.22928 11141 94.17 %-
all-11830 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→28.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3517 0 65 0 3582
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0223670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.3652.0174969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.745438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.39223.292161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94115655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3071529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0250.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7221.52204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39323569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06931466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3944.51400
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 39 -
Rwork0.351 664 -
obs--82.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.732 Å / Origin y: -24.882 Å / Origin z: 18.256 Å
111213212223313233
T0.5813 Å20.1016 Å2-0.0074 Å2-0.2838 Å20.0258 Å2--0.2711 Å2
L3.6229 °20.3833 °20.0484 °2-4.2198 °20.9267 °2--4.5247 °2
S-0.2877 Å °0.3685 Å °-0.1357 Å °-0.5004 Å °0.0349 Å °0.0359 Å °-0.3608 Å °-0.5977 Å °0.2529 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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