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万見
- PDB-3khk: Crystal structure of type-I restriction-modification system methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khk
タイトルCrystal structure of type-I restriction-modification system methylation subunit (MM_0429) from Methanosarchina mazei.
要素Type I restriction-modification system methylation subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / structural genomics / Type I restriction-modification system methylation subunit. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / Ferritin / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...: / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / Ferritin / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of type-I restriction-modification system methylation subunit (MM_0429) from Methanosarchina mazei.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type I restriction-modification system methylation subunit
B: Type I restriction-modification system methylation subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,9234
ポリマ－125,7312
非ポリマー1922
水32418
1
A: Type I restriction-modification system methylation subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9612
ポリマ－62,8651
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type I restriction-modification system methylation subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9612
ポリマ－62,8651
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.648, 80.648, 179.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細unknown

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要素

#1: タンパク質 Type I restriction-modification system methylation subunit


分子量: 62865.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 遺伝子: MM_0429 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PZR3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% PEG 3350,0.2M Ammonium Acetate,0.05M Magnesium Sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.9793
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年8月20日
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.9791
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.509
11K, H, -L20.491
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 37205 / Num. obs: 37205 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1916 / Rsym value: 0.882 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.212 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.813 / SU B: 7.473 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / SU Rfree: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1858 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.214 37097 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.91 Å2 / Biso mean: 51.862 Å2 / Biso min: 20.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.82 Å20 Å20 Å2
2--5.82 Å20 Å2
3----11.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7863 0 10 18 7891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.94110907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96324.833418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.287151366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.831541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5451.54848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01827767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42433208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2044.53140
LS精密化 シェル解像度: 2.553→2.619 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 123 -
Rwork0.244 2542 -
all-2665 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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