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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kh5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Protein MJ1225 from Methanocaldococcus jannaschii, a putative archaeal homolog of g-AMPK. | ||||||
![]() | protein MJ1225 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / MJ1225 / AMPK / AMP / ADP / ATP / CBS domain / archaea / Methanocaldococcus jannaschii. | ||||||
機能・相同性 | ![]() CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gomez Garcia, I. / Oyenarte, I. / Martinez-Cruz, L.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of protein MJ1225 from Methanocaldococcus jannaschii shows strong conservation of key structural features seen in the eukaryal gamma-AMPK. 著者: Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Martinez-Cruz, L.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009 タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of protein MJ1225 from Methanocaldococcus jannaschii, a putative archaeal homologue of gamma-AMPK. 著者: Gomez Garcia, I. / Kortazar, D. / Oyenarte, I. / Mato, J.M. / Martinez-Chantar, M.L. / Martinez-Cruz, L.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31761.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MJ1225 / プラスミド: pET101-D / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q58622, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 2.8 % PEG 400, 100 mM Hepes, 114 mM FOS-choline 8 or 11 mM FOS-choline 10, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2009年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19237 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 24.7 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 45.2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.1 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PROTEIN MJ0100 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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