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万見
- PDB-3kh1: Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphohydrolase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kh1
タイトルCrystal structure of Predicted metal-dependent phosphohydrolase (ZP_00055740.2) from Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 at 1.37 A resolution
要素Predicted metal-dependent phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / Predicted metal-dependent phosphohydrolase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-deoxynucleotidase activity
類似検索 - 分子機能
HD domain / 5'-deoxynucleotidase YfbR/HDDC2 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Predicted metal-dependent phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphohydrolase (ZP_00055740.2) from Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 at 1.37 A resolution ;
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_poly / entity_src_gen ...entity_poly / entity_src_gen / pdbx_database_related / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity_poly.pdbx_target_identifier / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_related.db_id / _software.classification / _software.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 2.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted metal-dependent phosphohydrolase
B: Predicted metal-dependent phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7835
ポリマ－45,4902
非ポリマー2933
水9,026501
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.852, 83.906, 71.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND CRYSTAL PACKING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Predicted metal-dependent phosphohydrolase


分子量: 22745.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 (バクテリア)
遺伝子: ZP_00055740.2 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: D1MPT5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1. THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED ...1. THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE FROM GENBANK WITH ACCESSION CODE ZP_00055740.2 AND FROM THE UNIPROT ARCHIVE (UNIPARC) WITH ACCESSION CODE UPI00003847C7.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
解説: THE STATISTICS REPORTED IN REMARK 200 WERE COMPUTED WITH XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT SEPARATE.
結晶化温度: 277 K / pH: 7.67
詳細: 20.0000% polyethylene glycol 3000, 0.2500M calcium acetate, 0.1M TRIS pH 7.67, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.978985
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月4日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→41.959 Å / Num. obs: 85080 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.68 Å2
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.37→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.667 / SU ML: 0.03 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ACETATE (ACT), CALCIUM (CA), AND A PEG-200 FRAGMENT (PG4) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.164 4252 5 %
Rwork0.132 --
obs0.133 85080 99.5 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å2-0.18 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→41.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3163 0 12 515 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.964442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90535462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5215432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.66522.378164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02915557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9761542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7761.52002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2341.5798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23623215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11431252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1554.51202
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.73635511
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.41 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 302 -
Rwork0.191 5811 -
obs--97.78 %
精密化 TLS

T13: 0.0047 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.628-0.39410.23320.5144-0.0850.8463-0.0059-0.1181-0.18810.04350.02880.07550.0506-0.1016-0.02290.0477-0.00740.01750.01320.04120.604944.696119.0795
21.352-0.17680.36020.6661-0.02891.02610.01030.16060.0742-0.0347-0.0308-0.1112-0.04710.25540.02050.0453-0.01290.06850.01330.043419.805851.688711.3976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION1A94 - 199
3X-RAY DIFFRACTION2B6 - 88
4X-RAY DIFFRACTION2B94 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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