PDB-3kgk: Crystal structure of ArsD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kgk

タイトル

Crystal structure of ArsD

要素

Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD

キーワード

CHAPERONE / alpha+beta / Arsenical resistance / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

response to arsenic-containing substance / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ye, J. / Rosen, B.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: The 1.4 A crystal structure of the ArsD arsenic metallochaperone provides insights into its interaction with the ArsA ATPase.
著者: Ye, J. / Ajees, A.A. / Yang, J. / Rosen, B.P.

履歴

登録	2009年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kgk.cif.gz	55 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kgk.ent.gz	39.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kgk_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kgk_full_validation.pdf.gz	432 KB	表示
XML形式データ	3kgk_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	3kgk_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kgk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fvc-1 4htu-2 1h8s-2 1h8o-2 2d7t-d 4las-d 4nkd-2 6onb-2 6bqz-1 4nko-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD

B: Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.841, 73.774, 41.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD 分子量: 11940.753 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-109 / 変異: C12A, C13A, C39S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arsD / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46003
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD

分子量: 11940.753 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-109 / 変異: C12A, C13A, C39S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arsD / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46003

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 25% PEG 6000, 0.1 M calcium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→40.9 Å / Num. all: 44159 / Num. obs: 43232 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.4→1.52 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 6273 / R_sym value: 0.438 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0046	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→35.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.167 / SU ML: 0.039 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21912	2171	5 %	RANDOM
R_work	0.19212	-	-	-
obs	0.19348	41036	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.299 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	0.18 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1492	0	0	268	1760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.157	1.976	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.099	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.808	24.925	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.243	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.17	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.651	1.5	944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.244	2	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.909	3	577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.181	4.5	541

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	162	-
R_work	0.277	3026	-
obs	-	-	97.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4234	-3.9727	5.2145	5.7572	-4.6796	6.6275	-0.0179	0.0085	-0.0091	0.1221	-0.0782	0.1938	0.143	0.0006	0.0961	0.0408	-0.0036	0.0469	0.0304	0.0264	0.0949	7.921	-0.773	16.816
2	1.621	-0.4088	-0.5069	2.0673	0.286	1.0717	-0.076	-0.0552	-0.0544	0.0327	0.0663	0.1546	0.1731	-0.0056	0.0096	0.0359	0.0036	0.0139	0.0145	0.0146	0.0551	10.117	-0.392	13.619
3	10.0586	-7.1447	-1.4163	7.1304	0.8144	2.7	0.1578	0.0903	0.2031	-0.0521	-0.2302	0.0202	-0.1678	0.0191	0.0725	0.0137	-0.0056	0.0094	0.0158	-0.0133	0.1011	21.043	18.915	10.797
4	0.731	0.0242	0.1657	1.8643	-0.8339	1.6977	0.0143	0.0033	0.1382	-0.0612	0.0174	-0.0616	-0.0181	0.0441	-0.0317	0.0144	-0.0012	0.0287	0.0165	0.0001	0.0827	19.666	17.115	7.142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	23 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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