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万見
- PDB-3kg5: Crystal structure of human Ig-beta homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kg5
タイトルCrystal structure of human Ig-beta homodimer
要素B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
キーワードPROTEIN BINDING / CD79b / Ig-beta / BCR / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell differentiation / B cell receptor signaling pathway / response to bacterium / transmembrane signaling receptor activity / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response ...IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell differentiation / B cell receptor signaling pathway / response to bacterium / transmembrane signaling receptor activity / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Radaev, S. / Sun, P.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Studies of Igalphabeta and Its Assembly with the B Cell Antigen Receptor.
著者: Radaev, S. / Zou, Z. / Tolar, P. / Nguyen, K. / Nguyen, A. / Krueger, P.D. / Stutzman, N. / Pierce, S. / Sun, P.D.
履歴
登録2009年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
B: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9992
ポリマ－30,9992
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5001
ポリマ－15,5001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5001
ポリマ－15,5001
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.8, 129.8, 129.8
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain / Ig-beta / B-cell-specific glycoprotein B29 / Immunoglobulin-associated B29 protein


分子量: 15499.551 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B29, CD79B, IGB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40259
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 0.6M Na formate, 100mM Na Acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 6616 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 27.6 % / Biso Wilson estimate: 75.8 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 55.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 28.7 % / Rsym value: 0.339

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→46 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.263 358 random
Rwork0.181 --
obs-6407 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 0 2 1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.39
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree: 0.362 / Rfactor Rwork: 0.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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