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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kfx | ||||||
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タイトル | Human dCK complex with 5-Me dC and ADP | ||||||
![]() | Deoxycytidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Human dCK / Nucleotide Kinase / P-Loop / 5-Me dC / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hazra, S. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and kinetic characterization of human deoxycytidine kinase variants able to phosphorylate 5-substituted deoxycytidine and thymidine analogues . 著者: Hazra, S. / Ort, S. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32572.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M Sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→30 Å / Num. obs: 39888 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rsym value: 0.23 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 95.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.039 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20
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