PDB-3kfk: Crystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus ma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kfk

タイトル

Crystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus maripaludis

要素

Chaperonin

キーワード

CHAPERONE / double homo-octameric rings

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 6.003 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a group II chaperonin reveal the open and closed states associated with the protein folding cycle.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2009年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kfk.cif.gz	782.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kfk.ent.gz	659.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kfk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kfk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3kfk_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	3kfk_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kfbC 3kfeSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5w74-1 1397 6qb8-d 6krd-d 0022 9541 0760 0759 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
898 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.533, 209.527, 266.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)
2	1	1	chain B and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)
3	1	1	chain C and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)
4	1	1	chain D and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)

#1: タンパク質	Chaperonin / Chaperonin GroEL (Thermosome / HSP60 family) 分子量: 55614.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 遺伝子: hsp60, MMP1515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES buffer pH 6.5, 5 mM spermidine and 30 % of 2-Methyl- 2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 6→58.56 Å / Num. all: 9343 / Num. obs: 9343 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 6→6.21 Å / % possible all: 68.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_162)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KFE

3kfe

解像度: 6.003→58.56 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2704	493	4.77 %
R_work	0.2406	-	-
obs	0.2422	9343	95.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 344.992 Å² / k_sol: 0.289 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-59.3108 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	124.455 Å²	0 Å²
3-	-	-	-65.1442 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 6.003→58.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14495	0	124	0	14619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.035	14724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.47	19828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.985	5712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2536

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3629	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3629	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	4.004
1	3	C	3629	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	2.737
1	4	D	3629	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	2.238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
6.0031-6.6065	0.4024	113	0.3529	2074	X-RAY DIFFRACTION	82
6.6065-7.5608	0.3942	118	0.3025	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5608-9.5191	0.2593	124	0.2053	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
9.5191-58.5655	0.2314	138	0.2279	2632	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4433	-1.7012	-1.1763	0.5288	-2.0084	6.0909	-0.9458	0.1769	1.9349	0.735	1.9802	2.0683	-1.4332	1.114	-0.5884	3.1016	0.5426	-0.1287	2.1721	0.4344	3.5733	-29.9181	-45.6603	-38.4505
2	4.0827	-1.5089	-0.0766	1.4217	2.2854	4.6163	-1.0204	3.1005	-0.1059	0.1721	-0.2097	2.4354	0.2263	-2.1466	-0.017	3.7557	-0.0728	0.0319	4.9033	0.2633	2.6995	-24.4422	-50.2006	-66.4899
3	4.4787	2.1007	-0.4389	8.5083	-1.5674	-0.4994	-0.6079	0.4231	-1.3179	1.3221	0.8262	-0.2496	-0.3721	0.4551	0.176	1.1989	0.1731	-0.2827	0.8664	-0.5459	1.2431	-35.6495	-64.3105	-17.0191
4	2.8061	2.0428	0.5628	3.1692	3.1515	5.8572	-0.792	0.6932	2.7377	1.4996	-0.4701	-0.2448	-2.2398	3.4099	0.2084	2.2762	-0.281	0.6282	1.2749	0.1875	2.346	20.0974	-41.5479	-38.6033
5	0.6853	1.5667	0.9476	3.0606	2.5749	2.6188	-0.963	1.7354	0.3751	-1.773	0.5282	1.2569	-0.9035	1.0287	0.0148	2.3918	0.3363	0.5876	4.1047	0.8919	2.8197	19.4005	-48.8104	-66.3764
6	9.1287	0.3563	0.9659	5.2836	3.5042	3.352	1.0768	0.1066	-1.363	0.9155	-1.1204	0.6566	-0.8096	-0.6118	-0.0816	1.5259	-0.0742	-0.412	0.2412	-0.2371	0.9756	3.4004	-50.7637	-17.0938
7	4.6114	-6.2454	-1.5151	5.6093	1.8871	2.2122	0.2601	-0.5569	-0.838	-1.531	-1.0203	0.7058	-0.8472	0.4732	0.303	1.8296	-0.2706	-0.2772	1.5256	0.4261	2.2351	40.5938	-69.1966	-17.1226
8	1.8563	3.4802	4.6467	8.034	5.1648	4.8796	0.4612	-0.2105	-0.44	1.4999	0.3648	1.081	8.4289	2.7146	0.3337	-2.998	-0.3012	2.2555	0.882	-0.3303	1.8977	58.5659	-75.914	-38.3263
9	-0.1531	0.0645	-0.1597	2.7154	0.9636	0.3176	-2.9411	0.6796	0.7202	0.7521	1.5039	0.1114	-1.8386	-1.6017	0.3863	5.2486	0.3681	0.4484	3.2442	-0.3471	3.7142	59.0247	-85.4505	-66.0196
10	1.4591	-4.3553	-0.2995	4.0194	2.8883	2.7645	0.2067	-1.1685	1.6827	-0.1305	-0.1841	0.6082	-0.185	1.0216	-0.2569	1.0763	-0.0664	0.0727	1.3245	0.564	2.3568	53.5528	-108.3033	-16.8751
11	7.9541	4.2729	2.2664	1.455	0.2776	6.0435	0.3746	-0.6996	1.2719	-1.0345	-0.8907	-2.8447	1.4342	-0.68	0.3356	1.2995	0.025	0.5674	1.9906	0.1181	3.4572	62.49	-125.6248	-38.5754
12	0.1119	1.1353	0.5946	0.6334	0.375	-0.3569	-3.1851	5.221	-0.1223	3.9264	0.9013	-3.9208	-6.2723	0.7456	-4.5147	7.5708	-0.8713	-3.8569	3.6322	0.1124	6.8678	51.169	-120.5431	-65.4504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 143:210 or resid 359:398)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 211:358)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 1:142 or resid 399:526)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 143:210 or resid 359:398)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 211:358)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 1:142 or resid 399:526)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 1:142 or resid 399:526)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 143:210 or resid 359:398)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and (resid 211:358)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 1:142 or resid 399:526)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 143:210 or resid 359:398)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and (resid 211:358)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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