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- PDB-3kfk: Crystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kfk
タイトルCrystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus maripaludis
要素Chaperonin
キーワードCHAPERONE / double homo-octameric rings
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thermosome, archaeal / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily ...Thermosome, archaeal / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chaperonin
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.003 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a group II chaperonin reveal the open and closed states associated with the protein folding cycle.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,5508
ポリマ－222,4574
非ポリマー2,0934
水00
1
A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
ヘテロ分子

A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
ヘテロ分子

A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
ヘテロ分子

A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)898,19832
ポリマ－889,82616
非ポリマー8,37216
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area57240 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area335220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.533, 209.527, 266.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)
211chain B and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)
311chain C and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)
411chain D and (resseq 11:240 or resseq 263:519 ) and (not element H) and (not element D)

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要素

#1: タンパク質
Chaperonin / Chaperonin GroEL (Thermosome / HSP60 family)


分子量: 55614.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌)
遺伝子: hsp60, MMP1515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES buffer pH 6.5, 5 mM spermidine and 30 % of 2-Methyl- 2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→58.56 Å / Num. all: 9343 / Num. obs: 9343 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 6→6.21 Å / % possible all: 68.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_162)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KFE

3kfe


解像度: 6.003→58.56 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 493 4.77 %
Rwork0.2406 --
obs0.2422 9343 95.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 344.992 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--59.3108 Å20 Å2-0 Å2
2--124.455 Å20 Å2
3----65.1442 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.003→58.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14495 0 124 0 14619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03514724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4719828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9855712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112536
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL4.004
13C3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL2.737
14D3629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL2.238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.0031-6.60650.40241130.35292074X-RAY DIFFRACTION82
6.6065-7.56080.39421180.30252554X-RAY DIFFRACTION100
7.5608-9.51910.25931240.20532575X-RAY DIFFRACTION100
9.5191-58.56550.23141380.22792632X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4433-1.7012-1.17630.5288-2.00846.0909-0.94580.17691.93490.7351.98022.0683-1.43321.114-0.58843.10160.5426-0.12872.17210.43443.5733-29.9181-45.6603-38.4505
24.0827-1.5089-0.07661.42172.28544.6163-1.02043.1005-0.10590.1721-0.20972.43540.2263-2.1466-0.0173.7557-0.07280.03194.90330.26332.6995-24.4422-50.2006-66.4899
34.47872.1007-0.43898.5083-1.5674-0.4994-0.60790.4231-1.31791.32210.8262-0.2496-0.37210.45510.1761.19890.1731-0.28270.8664-0.54591.2431-35.6495-64.3105-17.0191
42.80612.04280.56283.16923.15155.8572-0.7920.69322.73771.4996-0.4701-0.2448-2.23983.40990.20842.2762-0.2810.62821.27490.18752.34620.0974-41.5479-38.6033
50.68531.56670.94763.06062.57492.6188-0.9631.73540.3751-1.7730.52821.2569-0.90351.02870.01482.39180.33630.58764.10470.89192.819719.4005-48.8104-66.3764
69.12870.35630.96595.28363.50423.3521.07680.1066-1.3630.9155-1.12040.6566-0.8096-0.6118-0.08161.5259-0.0742-0.4120.2412-0.23710.97563.4004-50.7637-17.0938
74.6114-6.2454-1.51515.60931.88712.21220.2601-0.5569-0.838-1.531-1.02030.7058-0.84720.47320.3031.8296-0.2706-0.27721.52560.42612.235140.5938-69.1966-17.1226
81.85633.48024.64678.0345.16484.87960.4612-0.2105-0.441.49990.36481.0818.42892.71460.3337-2.998-0.30122.25550.882-0.33031.897758.5659-75.914-38.3263
9-0.15310.0645-0.15972.71540.96360.3176-2.94110.67960.72020.75211.50390.1114-1.8386-1.60170.38635.24860.36810.44843.2442-0.34713.714259.0247-85.4505-66.0196
101.4591-4.3553-0.29954.01942.88832.76450.2067-1.16851.6827-0.1305-0.18410.6082-0.1851.0216-0.25691.0763-0.06640.07271.32450.5642.356853.5528-108.3033-16.8751
117.95414.27292.26641.4550.27766.04350.3746-0.69961.2719-1.0345-0.8907-2.84471.4342-0.680.33561.29950.0250.56741.99060.11813.457262.49-125.6248-38.5754
120.11191.13530.59460.63340.375-0.3569-3.18515.221-0.12233.92640.9013-3.9208-6.27230.7456-4.51477.5708-0.8713-3.85693.63220.11246.867851.169-120.5431-65.4504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 143:210 or resid 359:398)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 211:358)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 1:142 or resid 399:526)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 143:210 or resid 359:398)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 211:358)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 1:142 or resid 399:526)
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 1:142 or resid 399:526)
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resid 143:210 or resid 359:398)
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 211:358)
10X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resid 1:142 or resid 399:526)
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and (resid 143:210 or resid 359:398)
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and (resid 211:358)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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