[日本語] English
万見
- PDB-3ket: Crystal structure of a Rex-family transcriptional regulatory prot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ket
タイトルCrystal structure of a Rex-family transcriptional regulatory protein from Streptococcus agalactiae bound to a palindromic operator
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
  • Redox-sensing transcriptional repressor rex
キーワードTranscription/DNA / Protein-DNA complex / Winged helix / Rossmann fold / NAD+ / Repressor / Transcription / Transcription regulation / REDOX sensing / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to redox state / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / Redox-sensing transcriptional repressor Rex
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae serogroup III (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Thiyagarajan, S. / Logan, D. / von Wachenfeldt, C.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: NAD+ pool depletion as a signal for the Rex regulon involved in Streptococcus agalactiae virulence.
著者: Franza, T. / Rogstam, A. / Thiyagarajan, S. / Sullivan, M.J. / Derre-Bobillot, A. / Bauer, M.C. / Goh, K.G.K. / Da Cunha, V. / Glaser, P. / Logan, D.T. / Ulett, G.C. / von Wachenfeldt, C. / Gaudu, P.
履歴
登録2009年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_entity_src_syn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32021年9月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2425
ポリマ－30,5543
非ポリマー6882
水2,144119
1
A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子

A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,48310
ポリマ－61,1086
非ポリマー1,3754
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area11700 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.720, 107.030, 153.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Redox-sensing transcriptional repressor rex


分子量: 23850.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup III (バクテリア)
株: NEM316 / 遺伝子: gbs1167, rex / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) / 参照: UniProt: Q8E565

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3')


分子量: 3396.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 3307.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 121分子

#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 22 % PEG 1500, 50mM MIB, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.49 Å / Num. all: 16223 / Num. obs: 16157 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.67 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KEO and a fiber model double stranded B-DNA of length 11 base pairs

3keo


解像度: 2.4→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 13.041 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24718 784 5.1 %RANDOM
Rwork0.19487 ---
obs0.19757 14638 95.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1613 431 45 119 2208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2032.2423029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09533230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.565204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.31124.05474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.45715293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2751510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.51015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.191.5418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67521642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36231156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.454.51387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 70 -
Rwork0.288 1089 -
obs--98.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7538-0.2425-0.98136.89092.9626.19740.1946-0.06370.16610.41780.0318-0.6702-0.14160.1881-0.22640.1068-0.0609-0.06190.0977-0.01280.147313.117514.301435.3959
23.57372.34810.45195.69652.35961.10230.4917-0.4420.00041.0896-0.4698-0.08280.3652-0.1163-0.02190.5122-0.227-0.05670.1495-0.00780.03788.330416.363350.7757
34.09713.59360.73577.44211.92592.51730.3182-0.41390.07171.0384-0.4690.06030.3611-0.26830.15080.4776-0.1970.00670.1208-0.02310.04467.120314.514551.001
42.32870.5364-0.45381.8304-0.3021.8939-0.04090.1216-0.2178-0.1515-0.0531-0.15210.12250.18420.09390.02830.04550.01320.1242-0.01240.036710.6165-8.862314.7141
53.6414-2.3427-0.13433.8708-0.55890.6391-0.0448-0.1803-0.07680.31870.05940.2831-0.0027-0.0756-0.01460.0607-0.00960.03720.1447-0.01150.0294-7.371-1.49127.788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3C34 - 44
4X-RAY DIFFRACTION4A90 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5A191 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る