PDB-3ke3: Crystal structure of Putative serine-pyruvate aminotransferase (Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ke3

タイトル

Crystal structure of Putative serine-pyruvate aminotransferase (YP_263484.1) from PSYCHROBACTER ARCTICUM 273-4 at 2.20 A resolution

要素

Putative serine-pyruvate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Putative serine-pyruvate aminotransferase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Aminotransferase / Pyruvate

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate / L-serine-pyruvate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Psychrobacter arcticus 273-4 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative serine-pyruvate aminotransferase (YP_263484.1) from PSYCHROBACTER ARCTICUM 273-4 at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ke3.cif.gz	89.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ke3.ent.gz	69.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ke3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/3ke3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/3ke3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6omq-d 6kdy-4 3c8n-1 1ocm-d 1o9o-d 4qa5-d 5grf-d 2wzs-1 5g0x-d 3hwk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391141

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative serine-pyruvate aminotransferase

ヘテロ分子

42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative serine-pyruvate aminotransferase

ヘテロ分子

A: Putative serine-pyruvate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
85.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.645, 98.352, 121.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY COUPLED WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Putative serine-pyruvate aminotransferase 分子量: 42173.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychrobacter arcticus 273-4 (バクテリア) 株: DSM 17307 / 273-4 / 遺伝子: agxT, Psyc_0177 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q4FVA8
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25.0000% polyethylene glycol 4000, 0.2000M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, Additive: 0.001M pyridoxal-5'-phospate (PLP), NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.91162,0.97956,0.97938

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月21日
詳細: Flat mirror, vertical and horizontal focussing mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97956	1
3	0.97938	1

反射

解像度: 2.2→29.867 Å / Num. obs: 19035 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.162 Å² / R_merge(I) obs: 0.125 / R_sym value: 0.125 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.2-2.26	3.7	0.652	1.2	5143	1388	0.652	99.9
2.26-2.32	3.7	0.635	1.1	5071	1364	0.635	99.8
2.32-2.39	3.7	0.508	1.5	4844	1305	0.508	99.9
2.39-2.46	3.7	0.453	1.7	4742	1282	0.453	100
2.46-2.54	3.7	0.405	1.9	4633	1248	0.405	100
2.54-2.63	3.7	0.328	2.3	4499	1209	0.328	100
2.63-2.73	3.7	0.26	2.9	4281	1150	0.26	100
2.73-2.84	3.7	0.239	3.2	4142	1123	0.239	99.9
2.84-2.97	3.7	0.194	3.9	3989	1076	0.194	100
2.97-3.11	3.7	0.145	5.1	3836	1041	0.145	99.9
3.11-3.28	3.7	0.118	6	3688	993	0.118	100
3.28-3.48	3.7	0.097	6.9	3383	922	0.097	100
3.48-3.72	3.7	0.088	6.9	3251	880	0.088	100
3.72-4.02	3.7	0.075	8.2	2992	817	0.075	99.9
4.02-4.4	3.7	0.07	8.3	2803	765	0.07	99.9
4.4-4.92	3.6	0.068	8.8	2517	691	0.068	99.9
4.92-5.68	3.6	0.077	7.9	2186	611	0.077	99.6
5.68-6.96	3.6	0.072	8.7	1877	524	0.072	99.4
6.96-9.84	3.5	0.059	8.9	1462	414	0.059	98.9
9.84-29.87	3.2	0.061	9.7	740	232	0.061	95

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.867 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 12.433 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.196
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	983	5.2 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	19024	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.25 Å² / B_iso mean: 18.099 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2847	0	42	170	3059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.98	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.139	3	4861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.756	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.33	24.841	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.128	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.055	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.069	2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.204	2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.1	4	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.935	6	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.506	8	1040

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	84	-
R_work	0.24	1291	-
all	-	1375	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7027	-2.7625	-4.0977	2.385	-0.5048	11.708	0.487	0.4561	0.8304	-0.1792	-0.1268	0.1108	-1.1009	-0.3443	-0.3602	0.1903	0.1106	-0.0172	0.1563	0.0149	0.3399	-15.286	56.195	35.311
2	1.6047	-0.1028	-0.3723	1.6324	0.1262	2.0865	-0.1123	0.2073	-0.1233	-0.1915	0.1088	-0.0032	0.1458	-0.0474	0.0035	0.0635	-0.0539	-0.0181	0.0712	-0.0061	0.0726	1.527	37.036	16.264
3	2.9919	-0.6406	-0.0157	1.7642	0.0333	1.7941	-0.0658	0.2281	0.2127	-0.19	0.0365	-0.4131	-0.2431	0.5122	0.0292	0.0972	-0.1248	0.0345	0.255	0.0261	0.2037	22.328	49.378	14.028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	269 - 377

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