PDB-3kdr: The Crystal Structure of a HK97 Family Phage Portal Protein from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kdr

タイトル

The Crystal Structure of a HK97 Family Phage Portal Protein from Corynebacterium diphtheriae to 2.9A

要素

HK97 Family Phage Portal Protein

キーワード

structural genomics / unknown function / Phage / HK97 family / Portal / Corynebacterium / diphtheriae / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #210 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #70 / Cytidine Deaminase; domain 2 - #120 / Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / Arylsulfatase, C-terminal domain / Cytidine Deaminase; domain 2 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Nocek, B. / Stein, A.J. / Mulligan, R. / Duggan, E. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a HK97 Family Phage Portal Protein from Corynebacterium diphtheriae to 2.9A
著者: Nocek, B. / Stein, A.J. / Mulligan, R. / Duggan, E. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3kdr.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kdr_validation.pdf.gz	490.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kdr_full_validation.pdf.gz	514.9 KB	表示
XML形式データ	3kdr_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	3kdr_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kdr	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4888 4891 0241 6ric-d 1twc-d 1i3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86570.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HK97 Family Phage Portal Protein

B: HK97 Family Phage Portal Protein

C: HK97 Family Phage Portal Protein

ヘテロ分子

100 kDa, 3 ポリマー
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1

A: HK97 Family Phage Portal Protein

B: HK97 Family Phage Portal Protein

C: HK97 Family Phage Portal Protein

ヘテロ分子

A: HK97 Family Phage Portal Protein

B: HK97 Family Phage Portal Protein

C: HK97 Family Phage Portal Protein

ヘテロ分子

A: HK97 Family Phage Portal Protein

B: HK97 Family Phage Portal Protein

C: HK97 Family Phage Portal Protein

ヘテロ分子

A: HK97 Family Phage Portal Protein

B: HK97 Family Phage Portal Protein

C: HK97 Family Phage Portal Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
401 kDa, 12 ポリマー
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2

A: HK97 Family Phage Portal Protein

B: HK97 Family Phage Portal Protein

C: HK97 Family Phage Portal Protein

ヘテロ分子

x 24

ソフトウェアが定義した集合体
2.41 MDa, 72 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_556	x,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	13_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	14_556	-y,-x,-z+1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_545	y,z-1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	34_545	-y,z-1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	35_555	y,-z+1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	36_555	-y,-z+1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	41_545	x,z-1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	42_545	-x,z-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	43_555	-x,-z+1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	44_555	x,-z+1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	53_455	z-1/2,x,y+1/2	1
crystal symmetry operation	54_455	z-1/2,-x,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	55_555	-z+1/2,-x,y+1/2	1
crystal symmetry operation	56_555	-z+1/2,x,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	69_455	z-1/2,y,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	70_455	z-1/2,-y,x+1/2	1
crystal symmetry operation	71_555	-z+1/2,y,x+1/2	1
crystal symmetry operation	72_555	-z+1/2,-y,-x+1/2	1

3

A: HK97 Family Phage Portal Protein

B: HK97 Family Phage Portal Protein

C: HK97 Family Phage Portal Protein

ヘテロ分子

x 24

ソフトウェアが定義した集合体
2.41 MDa, 72 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	340.068, 340.068, 340.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

詳細

The biological unit is a dodecamer. This is 1/4 of the biological unit. Authors state that it is highly unlikely that 72-mer would exist in nature, taking in account the function of this protein.

#1: タンパク質	HK97 Family Phage Portal Protein 分子量: 33268.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 株: NCTC13129 / 遺伝子: DIP1825 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NFR1
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 1.2M Sodium phosphate dibasic/0.8M Potassium phosphate monobasic, CAPS pH 10.5, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 37241 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-2.95	8.2	0.742	1	99.7
2.95-3	8.3	0.63	1	99.7
3-3.06	8.3	0.593	1	99.7
3.06-3.12	8.4	0.525	1	99.5
3.12-3.19	8.5	0.436	1	99.6
3.19-3.27	8.6	0.379	1	99.5
3.27-3.35	8.8	0.319	1	99.2
3.35-3.44	8.8	0.266	1	99.2
3.44-3.54	8.9	0.224	1	99.4
3.54-3.65	9	0.197	1	99
3.65-3.78	9	0.173	1	98.8
3.78-3.94	9.2	0.149	1	99
3.94-4.11	9.3	0.119	1	98.6
4.11-4.33	9.6	0.098	1	98.5
4.33-4.6	9.7	0.097	1	98.1
4.6-4.96	9.7	0.109	1	98.1
4.96-5.45	9.7	0.117	1	97.7
5.45-6.24	9.5	0.127	1	97.1
6.24-7.85	9.4	0.098	1	96.1
7.85-40	9.2	0.059	1	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
BUCCANEER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.9→36.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 25.702 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24503	1854	5 %	RANDOM
R_work	0.19763	-	-	-
obs	0.19993	35341	98.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.901 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→36.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6278	0	32	1	6311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	6416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.96	8781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.029	3	9967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.569	5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.988	23.916	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.863	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.474	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.698	1.5	4272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.125	1.5	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.352	2	6848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.5	3	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.888	4.5	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	134	-
R_work	0.248	2592	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7441	0.0683	-0.4364	0.7954	0.3617	1.1315	-0.0539	0.1887	0.1487	-0.1429	0.0561	-0.1062	0.0099	0.0168	-0.0022	0.1186	-0.0085	-0.0088	0.1421	0.0503	0.1149	42.0811	13.3143	77.1512
2	14.621	3.6566	-0.0039	1.0017	-0.8606	8.5708	-0.0581	0.3284	-0.1286	-0.0083	0.0978	-0.0152	-0.1803	0.0238	-0.0397	0.1983	-0.029	0.0075	0.2187	-0.0044	0.1967	48.5744	11.7928	74.0502
3	1.1344	0.2062	-1.5268	3.0295	-0.3744	3.1744	-0.0314	0.0012	0.1752	-0.2477	0.1124	-0.1791	-0.0014	0.2676	-0.081	0.1178	-0.0398	0.0237	0.1708	0.0322	0.1702	45.9544	20.9333	79.0736
4	5.6951	0.4372	-3.2207	0.1639	0.0548	10.838	-0.0045	-0.1015	0.4459	-0.0983	0.0527	-0.1785	-0.7022	0.347	-0.0483	0.2734	-0.1118	0.0571	0.2515	-0.0181	0.4666	53.6913	24.7946	77.5555
5	6.1011	-1.1442	1.0619	23.934	-2.0046	22.3854	-0.1753	-0.584	0.7566	1.6252	-0.502	-1.0556	-1.6026	0.4351	0.6773	0.2992	-0.104	0.0698	0.4112	-0.061	0.5259	57.4534	30.9096	82.8056
6	22.078	5.4311	-2.4551	4.4186	0.5076	3.2035	-0.1689	0.4615	0.8776	-0.6128	0.293	-0.2725	-0.3348	0.2287	-0.124	0.3045	-0.0247	0.0008	0.2661	0.0783	0.284	47.3213	27.7168	76.8849
7	4.0792	0.113	-0.306	6.4913	-6.1505	8.6211	0.0862	-0.2413	0.0984	0.3807	0.2389	-0.0627	0.1136	-0.2618	-0.3251	0.1527	0.0297	-0.0192	0.1667	0.013	0.1586	32.6606	19.0209	94.5037
8	0.0067	0.1035	-0.0758	2.2384	-1.6682	1.2492	0.0008	-0.0153	-0.0027	0.0373	-0.0911	-0.0873	-0.065	0.1114	0.0903	0.3162	-0.0931	0.0073	0.3335	0.0381	0.1814	25.532	4.2228	112.4124
9	11.0919	4.3883	7.6746	7.1556	4.847	12.6441	0.1039	-1.395	-0.2918	1.0284	-0.2374	-0.2452	0.6632	-0.6436	0.1335	0.4354	0.0395	-0.1209	0.4546	-0.0097	0.3612	26.2527	5.7712	138.3028
10	2.0473	-0.7156	-0.2118	7.8582	1.9645	4.0997	0.1127	-0.0473	0.0865	-0.052	-0.031	-0.5682	0.2176	0.5004	-0.0817	0.2889	0.0155	-0.1238	0.4131	-0.0567	0.4999	31.4595	-1.653	127.381
11	4.3748	-0.7419	-0.0163	7.8349	7.318	8.3683	0.2843	0.2687	-0.5515	-0.022	-0.0522	-0.0296	0.5506	-0.2787	-0.2322	0.28	-0.1018	-0.0365	0.1739	0.0607	0.189	20.339	3.4916	125.6347
12	8.6562	-4.0469	2.6964	8.2134	4.1668	5.5177	-0.1191	0.0304	-0.3003	0.0357	-0.3242	0.6009	-0.1677	-0.3539	0.4433	0.3163	0.0397	-0.076	0.2629	-0.0026	0.3239	18.0619	6.8778	103.5499
13	1.3175	-2.6289	1.0508	5.6886	-1.3898	1.9707	-0.0668	0.0189	-0.0528	0.1002	-0.1391	0.2445	-0.2141	-0.1612	0.2058	0.2352	-0.0147	-0.0306	0.2747	0.0511	0.1625	23.6513	14.4147	90.4488
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56	0.8281	-0.9185	-2.8651	1.3817	3.279	10.0065	-0.1697	0.066	-0.0573	-0.0911	-0.1013	0.3495	0.5638	-0.4198	0.271	0.4427	0.0276	-0.0597	0.514	0.0613	0.4004	23.0411	-4.5266	74.0282
57	2.5546	2.4187	0.2104	3.4552	0.3685	0.4664	0.2454	-0.2482	0.1997	-0.1983	-0.52	0.3754	-0.0743	0.147	0.2746	0.2749	-0.0223	-0.0155	0.2895	0.0071	0.2123	32.5042	1.1921	73.7384
58	1.6195	-1.3884	-2.1146	1.9466	0.3065	5.802	0.1509	0.0711	-0.009	-0.2193	-0.0485	0.0506	0.0176	-0.1853	-0.1024	0.2449	0.0038	0.0422	0.1888	-0.0007	0.1478	48.9992	2.6643	70.454
59	7.4178	-3.0862	4.5863	7.7187	-1.5558	22.0415	-0.0608	-0.1471	0.2015	-0.5157	0.2795	0.0686	0.0108	-0.4476	-0.2187	0.1754	-0.019	0.13	0.2308	0.0406	0.1854	51.7463	3.2453	61.1092
60	20.4507	10.2124	3.7582	6.7602	1.0254	3.248	-0.3378	0.8103	0.576	-0.2396	0.6179	0.5379	0.2634	-0.2749	-0.2801	0.3146	-0.0589	0.0318	0.2764	0.0126	0.2785	33.1738	-8.2291	64.2825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	123 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	144 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	156 - 164
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	165 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	182 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	200 - 209
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	210 - 235
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	236 - 243
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	244 - 254
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	255 - 264
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	265 - 271
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	272 - 284
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	285 - 292
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	293 - 301
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	302 - 311
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	312 - 318
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	319 - 336
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	45 - 63
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	64 - 76
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	77 - 86
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	87 - 97
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	98 - 103
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	104 - 123
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	124 - 140
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	141 - 152
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	153 - 161
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	162 - 182
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	183 - 201
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	202 - 221
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	222 - 243
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	244 - 252
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	253 - 262
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	263 - 284
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	285 - 291
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	292 - 300
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	301 - 313
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	314 - 337
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	43 - 52
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	53 - 90
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	91 - 97
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	98 - 109
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	110 - 135
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	136 - 140
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	141 - 148
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	149 - 161
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	162 - 187
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	188 - 201
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	202 - 228
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	229 - 243
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	244 - 254
54	X-RAY DIFFRACTION	54	C	255 - 264
55	X-RAY DIFFRACTION	55	C	265 - 274
56	X-RAY DIFFRACTION	56	C	275 - 291
57	X-RAY DIFFRACTION	57	C	292 - 300
58	X-RAY DIFFRACTION	58	C	301 - 313
59	X-RAY DIFFRACTION	59	C	314 - 323
60	X-RAY DIFFRACTION	60	C	324 - 336

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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