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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kd0 | ||||||
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タイトル | Human thioredoxin C35S,C62S,C69S,C73S mutant showing cadmium chloride bound to the active site | ||||||
![]() | Thioredoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin Fold / Disulfide bond / Electron transport / Redox-active center / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Protein repair / cellular detoxification of hydrogen peroxide / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / negative regulation of protein export from nucleus / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / positive regulation of DNA binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes ...positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Protein repair / cellular detoxification of hydrogen peroxide / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / negative regulation of protein export from nucleus / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / positive regulation of DNA binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to nitric oxide / Detoxification of Reactive Oxygen Species / The NLRP3 inflammasome / protein-disulfide reductase activity / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / cell redox homeostasis / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to radiation / Oxidative Stress Induced Senescence / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hall, G. / Emsley, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.7 A resolution crystal structure of a cadmium chloride complex with the active site of a mutant human thioredoxin 著者: Hall, G. / Emsley, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ertS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11686.217 Da / 分子数: 1 / 変異: C35S, C62S, C69S, C73S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-CD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.16M Cadmium Chloride, 2.0M ammonium sulphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→26.9 Å / Num. all: 15248 / Num. obs: 15248 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 29.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 2184 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ERT 解像度: 1.7→23.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 2.634 / SU ML: 0.088 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.382 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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