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- PDB-3kcm: The crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kcm
タイトルThe crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metallireducens
要素Thioredoxin family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / SGX / thioredoxin protein / PSI / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / cell envelope / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Redoxin / Redoxin / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...: / Redoxin / Redoxin / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metallireducens
著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin family protein
B: Thioredoxin family protein
C: Thioredoxin family protein
D: Thioredoxin family protein
E: Thioredoxin family protein
F: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,97512
ポリマ－105,3986
非ポリマー5766
水3,567198
1
A: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6622
ポリマ－17,5661
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6622
ポリマ－17,5661
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6622
ポリマ－17,5661
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6622
ポリマ－17,5661
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6622
ポリマ－17,5661
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6622
ポリマ－17,5661
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.986, 74.555, 82.410
Angle α, β, γ (deg.)100.66, 109.05, 99.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Thioredoxin family protein


分子量: 17566.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: 11211k2, Gmet_2452 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-codon +RIL -stratagene / 参照: UniProt: Q39SU7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 30% Polyethylene glycol 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→75.36 Å / Num. all: 39095 / Num. obs: 36844 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 53.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HDC

3hdc


解像度: 2.45→75.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 20.769 / SU ML: 0.222 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26974 1953 5 %RANDOM
Rwork0.21417 ---
obs0.21699 36844 94.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å21.22 Å2-0.14 Å2
2--0.83 Å2-0.06 Å2
3----2.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→75.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6492 0 30 198 6720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.9699057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6395834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.77124.403268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.969151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7321533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.54186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46626789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02432474
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.684.52268
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 158 -
Rwork0.317 2371 -
obs--83.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12490.2507-0.27451.5050.18711.7404-0.00510.0934-0.0534-0.07850.0020.0235-0.1332-0.16140.0030.07380.0190.03120.06590.01360.0289-3.9192-22.6675-6.4562
21.8802-0.65960.22382.2895-0.32231.09130.0395-0.0059-0.0268-0.0602-0.0010.08230.0398-0.1001-0.03850.0601-0.0111-0.0350.04560.00460.0217-15.45634.75195.0281
31.508-0.1433-0.2311.81450.72411.7028-0.02260.00890.01570.05080.0191-0.0357-0.1256-0.0320.00350.0890.04190.00150.04420.01960.0152-1.9562-33.70921.4255
40.9874-0.1926-0.25731.6235-0.10052.37390.09060.03460.03850.01340.00610.0334-0.0422-0.0138-0.09660.01580.01430.01570.05270.01540.02317.3998-27.7382-33.3686
50.7770.3837-0.20191.3435-0.31561.75260.03460.0606-0.051-0.03620.05070.03410.09610.0224-0.08520.06360.0146-0.03550.0590.01330.0337-5.46357.361531.4648
61.12330.15460.58211.760.3712.37440.0537-0.0427-0.0349-0.08-0.0305-0.07420.08710.0276-0.02330.08250.0217-0.00430.0110.00590.0198-13.014216.0298-22.4967
70.01090.0109-0.02060.140.05990.2161-0.0162-0.0151-0.004-0.03910.03480.04150.00880.0035-0.01860.10510.0031-0.03780.1213-0.00330.109-4.6274-8.9237-1.1838
80.1544-0.2044-0.2940.74280.23660.62590.04920.02930.0380.0150.0218-0.0712-0.1011-0.0423-0.07110.02370.0093-0.00240.13440.03880.067-2.0254-8.8761-0.5034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4D29 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5E29 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6F29 - 166
7X-RAY DIFFRACTION7A7 - 227
8X-RAY DIFFRACTION7C1 - 238
9X-RAY DIFFRACTION7B9 - 244
10X-RAY DIFFRACTION7E2 - 237
11X-RAY DIFFRACTION7D11 - 246
12X-RAY DIFFRACTION7F16 - 243
13X-RAY DIFFRACTION8A1
14X-RAY DIFFRACTION8C6
15X-RAY DIFFRACTION8B2
16X-RAY DIFFRACTION8E4
17X-RAY DIFFRACTION8D3
18X-RAY DIFFRACTION8F5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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