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- PDB-3kcc: Crystal structure of D138L mutant of Catabolite Gene Activator Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kcc
タイトルCrystal structure of D138L mutant of Catabolite Gene Activator Protein
要素Catabolite gene activator
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / Activator / cAMP / cAMP-binding / DNA-binding / Nucleotide-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Tao, W.B. / Gao, Z.Q. / Zhou, J.H. / Dong, Y.H. / Yu, S.N.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2011
タイトル: The 1.6A resolution structure of activated D138L mutant of catabolite gene activator protein with two cAMP bound in each monomer
著者: Tao, W.B. / Gao, Z.Q. / Gao, Z.Y. / Zhou, J.H. / Huang, Z.X. / Dong, Y.H. / Yu, S.N.
履歴
登録2009年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catabolite gene activator
B: Catabolite gene activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5466
ポリマ－58,2292
非ポリマー1,3174
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.536, 102.222, 53.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / cAMP regulatory protein


分子量: 29114.480 Da / 分子数: 2 / 変異: D138L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: crp / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ACJ8
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 10% PEG4000, 7% isopropanol, 3mM cAMP, 0.1M HEPES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 59849 / Num. obs: 55401 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 5818 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HW5

1hw5


解像度: 1.66→39.268 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2414 2712 5.04 %RANDOM
Rwork0.2041 ---
obs0.206 55401 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.047 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1043 Å20 Å2-3.9638 Å2
2--3.9472 Å20 Å2
3----0.8428 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→39.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3028 0 88 278 3394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2184415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3061205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.66-1.69020.28591280.2469267697
1.6902-1.72270.26451380.2358269699
1.7227-1.75790.31461420.2189264097
1.7579-1.79610.24061610.22182687100
1.7961-1.83790.24291450.2108263398
1.8379-1.88380.25141560.2108265799
1.8838-1.93480.27141340.2139268999
1.9348-1.99170.2531430.2143269999
1.9917-2.0560.26821350.20772705100
2.056-2.12940.21821470.2027265899
2.1294-2.21470.22021210.2067273599
2.2147-2.31550.24211530.19792686100
2.3155-2.43750.24721630.20322696100
2.4375-2.59020.26561210.20792739100
2.5902-2.79020.2151430.19962694100
2.7902-3.07090.23331480.19352716100
3.0709-3.5150.22671450.19762747100
3.515-4.42750.21821540.1598268699
4.4275-39.27910.2211350.202264895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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