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- PDB-3kbg: Crystal structure of the 30S ribosomal protein S4e from Thermopla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kbg
タイトルCrystal structure of the 30S ribosomal protein S4e from Thermoplasma acidophilum. Northeast Structural Genomics Consortium Target TaR28.
要素30S ribosomal protein S4e
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / 30S ribosomal protein S4e / rps4e / RS4E_THEAC / TaR28 / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Ribonucleoprotein / RNA-binding / rRNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S4, central domain / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / SH3 type barrels. ...Ribosomal protein S4, central domain / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S4e
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. ...Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the 30S ribosomal protein S4e from Thermoplasma acidophilum.
著者: Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S4e


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0851
ポリマ－24,0851
非ポリマー00
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 30S ribosomal protein S4e

A: 30S ribosomal protein S4e


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1692
ポリマ－48,1692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area1910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.831, 74.831, 64.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-597-

HOH

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S4e


分子量: 24084.703 Da / 分子数: 1 / 変異: K148I, W154L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: rps4e, Ta1259 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q56230
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M NaF, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 40542 / Num. obs: 40501 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 77.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Num. unique all: 2035 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→28.921 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 2080 5.15 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
obs0.1861 40427 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.632 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1473 0 0 193 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5322007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.392558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79070.23991280.2072565X-RAY DIFFRACTION99
1.7907-1.83550.25051360.20632521X-RAY DIFFRACTION100
1.8355-1.88510.24281330.20912573X-RAY DIFFRACTION100
1.8851-1.94060.25011260.19512573X-RAY DIFFRACTION100
1.9406-2.00320.23531680.18752553X-RAY DIFFRACTION100
2.0032-2.07480.20831360.17722521X-RAY DIFFRACTION100
2.0748-2.15780.25651240.18282582X-RAY DIFFRACTION100
2.1578-2.2560.16521250.17552581X-RAY DIFFRACTION100
2.256-2.37490.22261510.16852530X-RAY DIFFRACTION100
2.3749-2.52360.1881370.18342584X-RAY DIFFRACTION100
2.5236-2.71830.20251570.18292532X-RAY DIFFRACTION100
2.7183-2.99160.19351690.19572565X-RAY DIFFRACTION100
2.9916-3.42390.28181170.18632565X-RAY DIFFRACTION100
3.4239-4.31150.21631580.1652553X-RAY DIFFRACTION100
4.3115-28.92490.18631150.17962549X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.7777 Å / Origin y: 44.7101 Å / Origin z: 13.0267 Å
111213212223313233
T0.1423 Å2-0.0093 Å2-0.0136 Å2-0.0394 Å20.0172 Å2--0.0826 Å2
L0.5288 °20.0674 °20.0759 °2-0.3133 °20.0969 °2--0.484 °2
S-0.0051 Å °-0.018 Å °-0.0912 Å °0.1561 Å °0.0248 Å °-0.0062 Å °-0.0397 Å °-0.0121 Å °-0.0139 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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