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万見
- PDB-3kb3: Crystal structure of abscisic acid-bound PYL2 in complex with HAB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kb3
タイトルCrystal structure of abscisic acid-bound PYL2 in complex with HAB1
要素
  • Protein phosphatase 2C 16
  • Putative uncharacterized protein At2g26040
キーワードSIGNALING PROTEIN / phytohormone receptor / PYR/PYL/RCAR / abscisic acid signaling / type 2C protein phosphatases / PYL2 / HAB1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / Abscisic acid receptor PYL2 / Protein phosphatase 2C 16
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Melcher, K. / Soon, F.-F. / Ng, L.-M. / Xu, Y. / Suino-Powell, K.M. / Kovach, A. / Li, J. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Agate-latch-lock mechanism for hormone signalling by abscisic acid receptors
著者: Melcher, K. / Ng, L.-M. / Zhou, X.E. / Soon, F.-F. / Xu, Y. / Suino-Powell, K.-M. / Park, S.-Y. / Weiner, J.J. / Fujii, H. / Chinnusamy, V. / Kovach, A. / Li, J. / Wang, Y. / Li, J.Y. / ...著者: Melcher, K. / Ng, L.-M. / Zhou, X.E. / Soon, F.-F. / Xu, Y. / Suino-Powell, K.-M. / Park, S.-Y. / Weiner, J.J. / Fujii, H. / Chinnusamy, V. / Kovach, A. / Li, J. / Wang, Y. / Li, J.Y. / Peterson, F.C. / Jensen, D.R. / Yong, E.-L. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R. / Zhu, J.-K. / Xu, H.E.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein At2g26040
B: Protein phosphatase 2C 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7176
ポリマ－55,3802
非ポリマー3374
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.319, 67.466, 143.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein At2g26040


分子量: 19848.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g26040 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1


分子量: 35531.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase
#3: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月16日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 45661 / Num. obs: 41123 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.2 % / Rsym value: 0.093

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å9.98 Å
Translation3 Å9.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.643 / SU ML: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 2918 7.1 %
Rwork0.214 --
obs0.217 41123 94.3 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å20 Å2
2--4.94 Å20 Å2
3----2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3681 0 22 230 3933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.9635101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03336294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8835465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27823.529170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91615657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.191531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2171.52334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6961.5949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.73423778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.35831436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5054.51323
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.44336359
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.7325233
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.9856289
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 169 -
Rwork0.287 1889 -
obs--65.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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