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- PDB-3kaq: Flavodoxin from D. desulfuricans (semireduced form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kaq
タイトルFlavodoxin from D. desulfuricans (semireduced form)
要素Flavodoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / flavodoxin / sulfate-reducing bacteria / Flavoprotein / FMN / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold ...Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Romero, A. / Caldeira, J. / LeGall, J. / Moura, I. / Moura, J.J.G. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of flavodoxin from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 in two oxidation states.
著者: Romero, A. / Caldeira, J. / Legall, J. / Moura, I. / Moura, J.J. / Romao, M.J.
履歴
登録2009年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9042
ポリマ－15,4471
非ポリマー4561
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.100, 95.100, 33.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Flavodoxin


分子量: 15447.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774 (バクテリア)
株: ATCC 27774 / DSM 6949 / 参照: UniProt: P80312
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Reduced flavodoxin crystals were obtained directly from the oxidized ones. Since the original conditions of growth were at pH=5.0, the crystals were carefully transferred to 2.5M ammonium ...詳細: Reduced flavodoxin crystals were obtained directly from the oxidized ones. Since the original conditions of growth were at pH=5.0, the crystals were carefully transferred to 2.5M ammonium sulfate, pH=7.0, the pH required for the reduction to the semiquinone state. Within 10-15 min of 100mM sodium dithionite being slowly added, the crystal colour gradually changed from yellow to purple, corresponding to the stable semireduced state., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月25日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→24 Å / Num. all: 10220 / Num. obs: 9173 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.155
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KAP

3kap


解像度: 2.25→8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rwork0.194 -
obs0.194 8738
Rfree-0
all-9112
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1067 0 31 83 1181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.981
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.38
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.275 -
Rfree-0
obs-1117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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