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万見
- PDB-3k9s: Crystal structure of the peroxide-bound manganese superoxide dism... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k9s
タイトルCrystal structure of the peroxide-bound manganese superoxide dismutase.
要素Superoxide dismutase [Mn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Manganese superoxide dismutase / peroxide-bound / Manganese / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to selenium ion / response to acidic pH / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / response to heat / response to oxidative stress ...cellular response to selenium ion / response to acidic pH / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / response to heat / response to oxidative stress / protein homodimerization activity / DNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROGEN PEROXIDE / Superoxide dismutase [Mn]
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Porta, J.C. / Vahedi-Faridi, A. / Borgstahl, G.E.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Analysis of Peroxide-Soaked MnSOD Crystals Reveals Side-On Binding of Peroxide to Active-Site Manganese.
著者: Porta, J. / Vahedi-Faridi, A. / Borgstahl, G.E.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Mn]
B: Superoxide dismutase [Mn]
C: Superoxide dismutase [Mn]
D: Superoxide dismutase [Mn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,30911
ポリマ－91,9884
非ポリマー3227
水8,611478
1
A: Superoxide dismutase [Mn]
B: Superoxide dismutase [Mn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1385
ポリマ－45,9942
非ポリマー1443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [Mn]
D: Superoxide dismutase [Mn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1726
ポリマ－45,9942
非ポリマー1784
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.849, 107.418, 180.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Mn] / MnSOD


分子量: 22996.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3908, JW3879, sodA / プラスミド: pTTQA10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OX326A.1 / 参照: UniProt: P00448, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50 mM Bicine pH 8.5, 25% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Vertical focusing mirror single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→28.3 Å / Num. all: 154389 / Num. obs: 139669 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rsym value: 0.0822 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D5N

1d5n


解像度: 1.55→28.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 4.316 / SU ML: 0.072 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26998 6254 5 %RANDOM
Rwork0.22711 ---
obs0.22926 118082 88.23 %-
all-154389 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.295 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6512 0 10 478 7000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.9319091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8745818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30224.568324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.158151085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7991524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7831.54089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1126510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80932636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4084.52580
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.10636725
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.7333481
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.26436523
LS精密化 シェル解像度: 1.551→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 373 -
Rwork0.227 6479 -
obs--66.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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