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- PDB-3k93: Crystal structure of phage related exonuclease (YP_719632.1) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k93
タイトルCrystal structure of phage related exonuclease (YP_719632.1) from HAEMOPHILUS SOMNUS 129PT at 2.15 A resolution
要素phage related exonuclease
キーワードHYDROLASE / phage related exonuclease / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Translocation protein TolB
機能・相同性情報
生物種Haemophilus somnus 129PT (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of phage related exonuclease (YP_719632.1) from HAEMOPHILUS SOMNUS 129PT at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phage related exonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2867
ポリマ－25,8881
非ポリマー3986
水2,198122
1
A: phage related exonuclease
ヘテロ分子

A: phage related exonuclease
ヘテロ分子

A: phage related exonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,85821
ポリマ－77,6633
非ポリマー1,19518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.369, 113.369, 42.284
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-230-

HOH

詳細CRYSTAL PACKING AND ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY ANALYSIS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 phage related exonuclease


分子量: 25887.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus somnus 129PT (バクテリア)
株: 129Pt / 遺伝子: HS_1420 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q0I4G3

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT (1-222) WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT (1-222) WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10.0000% Glycerol, 1.0000M NaCl, 30.0000% PEG-600, 0.1M Cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97947
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979471
反射解像度: 2.15→28.341 Å / Num. obs: 17252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 32.941 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.15-2.217.50.8362.1964712850.836100
2.21-2.277.50.6821.1903312050.682100
2.27-2.337.50.5751.3906512040.575100
2.33-2.47.50.4951.5865411560.495100
2.4-2.487.50.3991.9861211450.399100
2.48-2.577.50.3332.3815210830.333100
2.57-2.677.50.3132.4781410480.313100
2.67-2.787.60.2443.1767010150.244100
2.78-2.97.50.2043.772689750.204100
2.9-3.047.50.1574.770579410.157100
3.04-3.217.50.1285.666418840.128100
3.21-3.47.50.1076.463038440.107100
3.4-3.637.40.0927.258737940.092100
3.63-3.937.40.0817.755267490.081100
3.93-4.37.40.0719.250396830.071100
4.3-4.817.40.0669.746316300.066100
4.81-5.557.30.079.240005460.07100
5.55-6.87.20.0739.334044760.073100
6.8-9.627.10.0619.826513750.061100
9.62-28.346.40.05511.513652140.05596.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→28.341 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 9.253 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.16
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. SODIUM (NA) AND CHLORIDE (CL) IONS, GLYCEROL (GOL), AND POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAVE BEEN MODELED INTO THE SOLVENT STRUCTURE. 5. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF THE TLSMD SERVER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 874 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 17249 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.03 Å2 / Biso mean: 18.489 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1775 0 23 122 1920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9622508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97133132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3735232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59725.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76515338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0131510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7531.51124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1671.5456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44521821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2713734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7654.5682
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 63 -
Rwork0.255 1213 -
all-1276 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83141.6467-0.06083.02340.7652.0676-0.09180.0755-0.0487-0.10490.02-0.0591-0.0081-0.01020.07180.06590.04010.03830.10470.01020.22216.49350.1324.885
22.6639-0.9338-1.85231.29360.24892.0191-0.0792-0.1395-0.3007-0.0201-0.0553-0.11830.20650.07170.13460.0753-0.02840.02190.09110.0030.3179-2.23639.62913.444
33.10.2285-0.73570.72960.18340.8363-0.04120.1124-0.4235-0.0303-0.0753-0.00530.1097-0.0780.11640.08270.02290.00350.04780.02630.17920.02543.61410.67
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3A140 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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