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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k8q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase in complex with SerMe-Immucillin H | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / transition state analog inhibitor / hPNP / PNP / Immucillin H / SerMe-ImmH / Cytoskeleton / Disease mutation / Glycosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / Ribavirin ADME / IMP catabolic process / nucleoside binding / guanosine phosphorylase activity / Purine catabolism / allantoin metabolic process / Purine salvage / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ho, M. / Almo, S.C. / Scharmm, V.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Crystal structure of human nucleoside phosphorylase in complex with SerMe-ImmH 著者: Ho, M. / Almo, S.C. / Scharmm, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k8q.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k8q.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k8q_validation.pdf.gz | 454.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3k8q_full_validation.pdf.gz | 459.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k8q_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k8q_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a trimer generated from the crystallographic symmetry operator. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32184.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NP, PNP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-22A / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.12 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 5 詳細: 0.1M sodium citrate, 2.55M ammonium phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22843 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.658 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: REFINED INDIVIDUALLY A POSITIVE DENSITY IN VICINITY OF SER33 IS NOT MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
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