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- PDB-3k8j: Structure of crystal form III of TP0453 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k8j
タイトルStructure of crystal form III of TP0453
要素30kLP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Treponema pallidum / TP0453 / outer membrane protein
機能・相同性: / Outer membrane-associated lipoprotein TP0453 / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer membrane protein TP0453
機能・相同性情報
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhu, G. / Luthra, A. / Desrosiers, D. / Koszelak-Rosenblum, M. / Mulay, V. / Radolf, J.D. / Malkowski, M.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Transition from Closed to Open Conformation of Treponema pallidum Outer Membrane-associated Lipoprotein TP0453 Involves Membrane Sensing and Integration by Two Amphipathic Helices.
著者: Luthra, A. / Zhu, G. / Desrosiers, D.C. / Eggers, C.H. / Mulay, V. / Anand, A. / McArthur, F.A. / Romano, F.B. / Caimano, M.J. / Heuck, A.P. / Malkowski, M.G. / Radolf, J.D.
履歴
登録2009年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30kLP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1471
ポリマ－29,1471
非ポリマー00
水2,198122
1
A: 30kLP

A: 30kLP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2942
ポリマ－58,2942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.680, 157.508, 43.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 30kLP / Putative uncharacterized protein


分子量: 29147.111 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 27-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
遺伝子: 30klp, TP_0453 / プラスミド: pET43.1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67998
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 12% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M MES, pH 5.5, 0.5% BOG, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-211
シンクロトロンSSRL BL9-220.97915,0.97932,0.96396
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2009年6月13日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2009年3月14日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979151
30.979321
40.963961
反射解像度: 2.2→78.75 Å / Num. all: 16362 / Num. obs: 16362 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 43.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice5データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→78.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 10.001 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25972 827 5.1 %RANDOM
Rwork0.21157 ---
obs0.21394 15494 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2--2.2 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→78.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1971 0 0 122 2093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.9622775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.265257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2722.82692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.87715350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4641516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3631.51256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34522036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0463790
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7514.5735
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 59 -
Rwork0.187 1029 -
obs--90.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.7385 Å / Origin y: 25.9564 Å / Origin z: 28.4194 Å
111213212223313233
T0.0325 Å20.0047 Å2-0.014 Å2-0.0354 Å2-0.0195 Å2--0.0239 Å2
L0.8356 °20.4961 °20.2217 °2-0.6211 °20.2351 °2--0.9833 °2
S0.0517 Å °-0.013 Å °-0.0664 Å °0.0342 Å °0.0039 Å °-0.0648 Å °0.1624 Å °-0.0144 Å °-0.0555 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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