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- PDB-3k86: Crystal structure of NADH:FAD oxidoreductase (TftC) - apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k86
タイトルCrystal structure of NADH:FAD oxidoreductase (TftC) - apo form
要素Chlorophenol-4-monooxygenase component 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADH:FAD oxidoreductase / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD reductase (NADH) / oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / pyrimidine nucleobase catabolic process / riboflavin reductase (NADPH) activity / monooxygenase activity / FMN binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH:FAD oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kang, C.H. / Webb, B.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Characterization of chlorophenol 4-monooxygenase (TftD) and NADH:FAD oxidoreductase (TftC) of Burkholderia cepacia AC1100.
著者: Webb, B.N. / Ballinger, J.W. / Kim, E. / Belchik, S.M. / Lam, K.S. / Youn, B. / Nissen, M.S. / Xun, L. / Kang, C.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorophenol-4-monooxygenase component 1
B: Chlorophenol-4-monooxygenase component 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7512
ポリマ－39,7512
非ポリマー00
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-47.3 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.346, 111.346, 102.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Chlorophenol-4-monooxygenase component 1


分子量: 19875.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
株: AC1100 / 遺伝子: tftC / プラスミド: pET30 LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87008
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Potassium formate, 20% w/v PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: Pt-coated Si
放射モノクロメーター: KOHZU: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→45.43 Å / Num. obs: 45542

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CB0

3cb0


解像度: 2→18.957 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 1334 4.19 %
Rwork0.151 --
obs0.152 31821 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.565 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.2 Å2 / Biso mean: 28.23 Å2 / Biso min: 3.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.843 Å20 Å20 Å2
2---2.843 Å20 Å2
3---5.686 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→18.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2446 0 0 435 2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7633404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.135404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.947856
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0710.2131200.1742870299093
2.071-2.1540.2011320.1673066319899
2.154-2.2520.2071320.1523085321799
2.252-2.3710.2161340.1483064319899
2.371-2.5190.2021370.14930763213100
2.519-2.7130.191330.14830623195100
2.713-2.9850.1771330.14230333166100
2.985-3.4150.1681370.13830763213100
3.415-4.2940.1451400.12830833223100
4.294-18.9570.1591360.14230723208100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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