[日本語] English
万見
- PDB-3k7y: Aspartate Aminotransferase of Plasmodium falciparum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k7y
タイトルAspartate Aminotransferase of Plasmodium falciparum
要素Aspartate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Aspartate aminotransferase Plasmodium falciparum / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Aspartate and asparagine metabolism / Malate-aspartate shuttle / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aspartate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Groves, M.R. / Jordanova, R. / Jain, R. / Wrenger, C. / Muller, I.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Specific Inhibition of the Aspartate Aminotransferase of Plasmodium falciparum.
著者: Wrenger, C. / Muller, I.B. / Schifferdecker, A.J. / Jain, R. / Jordanova, R. / Groves, M.R.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3653
ポリマ－47,0591
非ポリマー3062
水1629
1
A: Aspartate aminotransferase
ヘテロ分子

A: Aspartate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7306
ポリマ－94,1182
非ポリマー6124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area8130 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area32430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.838, 100.838, 240.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase


分子量: 47058.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFB0200c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O96142, aspartate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris/HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→82.08 Å / Num. all: 11894 / Num. obs: 11597 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.8→3.08 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1854 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1q7w

1q7w
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→82.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 49.095 / SU ML: 0.434 / Isotropic thermal model: Single ADP per atom / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29225 562 4.8 %RANDOM
Rwork0.21445 ---
all0.21806 11602 --
obs0.21806 11040 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å20.8 Å20 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----2.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→82.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3311 0 20 9 3340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.964583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2525404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.45425.529170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.92315631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9891511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.52018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12223284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10931374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9174.51299
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 40 -
Rwork0.364 681 -
obs--84.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28020.6378-0.29840.7521-0.13892.34910.1826-0.01560.3259-0.02870.03620.1081-0.53650.3328-0.21870.2918-0.00750.10530.15960.01690.124725.72840.80132.986
20.8650.2923-0.34960.89150.48363.04460.0390.33290.0344-0.1240.05010.17720.1948-0.1764-0.08910.11970.0113-0.05790.26090.08480.174216.64720.98119.631
31.03590.06410.50183.41490.20053.24510.17680.06280.20250.1037-0.08810.41610.2806-0.5236-0.08870.0504-0.01450.0190.2630.05380.2349.83922.11931.245
43.15491.0833-1.51161.0417-0.62532.22470.02860.35320.2897-0.04940.17790.0804-0.5474-0.107-0.20650.2480.04280.02260.23730.1150.170425.37141.38714.9
53.62570.8626-1.95522.9124-1.92525.18940.2495-0.12550.1053-0.07270.14780.0555-0.86990.1495-0.39730.3444-0.11120.0540.21790.0250.11636.70444.42214.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3A237 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4A292 - 374
5X-RAY DIFFRACTION5A375 - 405

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る