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- PDB-3k7x: Crystal structure of the Lin0763 protein from Listeria innocua. N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k7x
タイトルCrystal structure of the Lin0763 protein from Listeria innocua. Northeast Structural Genomics Consortium Target LkR23.
要素Lin0763 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / Lin0763 / Q92DQ0 / LkR23 / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Predicted O-glycosyl hydrolase / : / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Glycosyltransferase - #20 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Lin0763 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.889 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Buchwald, W.A. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Buchwald, W.A. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Lin0763 protein from Listeria innocua.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Buchwald, W.A. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin0763 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5252
ポリマ－41,4301
非ポリマー951
水8,125451
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.194, 75.333, 53.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質 Lin0763 protein


分子量: 41430.105 Da / 分子数: 1 / 変異: K233I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: lin0763 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q92DQ0
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 10
詳細: 40% PEG 8000, 0.1M KH2PO4, 0.1M CAPS, pH 10.0, MICROBATCH UNDER PARAFFIN OIL, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.889→50 Å / Num. all: 57664 / Num. obs: 56453 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5773 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.889→33.4 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1843 2874 5.1 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1683 56348 97.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.43 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.889→33.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 0 5 451 3332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1744011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1061039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007510
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8886-1.91960.2171150.26461891X-RAY DIFFRACTION72
1.9196-1.95270.26951220.23852223X-RAY DIFFRACTION87
1.9527-1.98820.22891300.21752463X-RAY DIFFRACTION93
1.9882-2.02640.26361160.20412505X-RAY DIFFRACTION97
2.0264-2.06780.27481270.21192644X-RAY DIFFRACTION100
2.0678-2.11270.20951250.19092640X-RAY DIFFRACTION100
2.1127-2.16190.17041440.16622598X-RAY DIFFRACTION100
2.1619-2.21590.18641540.16652610X-RAY DIFFRACTION100
2.2159-2.27580.18261400.17142585X-RAY DIFFRACTION100
2.2758-2.34280.20251310.16242630X-RAY DIFFRACTION100
2.3428-2.41840.17731390.16222638X-RAY DIFFRACTION100
2.4184-2.50480.18821170.1542637X-RAY DIFFRACTION100
2.5048-2.6050.15291230.15372606X-RAY DIFFRACTION100
2.605-2.72350.18691440.17262645X-RAY DIFFRACTION100
2.7235-2.86710.18451550.17312568X-RAY DIFFRACTION100
2.8671-3.04660.18241670.16352598X-RAY DIFFRACTION100
3.0466-3.28160.18291370.16342639X-RAY DIFFRACTION100
3.2816-3.61150.16071470.15342583X-RAY DIFFRACTION100
3.6115-4.13330.13331530.13532616X-RAY DIFFRACTION100
4.1333-5.20430.14571340.12892602X-RAY DIFFRACTION99
5.2043-33.40520.15691540.14672553X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.9187 Å / Origin y: 51.9978 Å / Origin z: 41.2935 Å
111213212223313233
T0.0187 Å20.0046 Å20.0005 Å2-0.0155 Å20.0065 Å2--0.0214 Å2
L0.2009 °2-0.0582 °20.0179 °2-0.197 °2-0.0407 °2--0.2028 °2
S0.014 Å °-0.0043 Å °-0.0001 Å °-0.0141 Å °-0.014 Å °-0.0087 Å °0.0039 Å °-0 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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