PDB-3k6m: Dynamic domains of Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k6m

タイトル

Dynamic domains of Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase from pig heart.

要素

Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / SCOT / CoA Transferase / dynamic domain / glycerol / Mitochondrion / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

Utilization of Ketone Bodies / 3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body metabolic process / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Coker, S. / Lloyd, A. / Mitchell, E. / Lewis, G.R. / Shoolingin-Jordan, P. / Coker, A.R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: The high-resolution structure of pig heart succinyl-CoA:3-oxoacid coenzyme A transferase.
著者: Coker, S.F. / Lloyd, A.J. / Mitchell, E. / Lewis, G.R. / Coker, A.R. / Shoolingin-Jordan, P.M.

履歴

登録	2009年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k6m.cif.gz	393.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k6m.ent.gz	318.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k6m_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k6m_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	3k6m_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	3k6m_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o9lS 1m3e 1ooy 1ooz 1ope 2nrb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3oxo-2 3oxo-1 2nrc-2 1m3e-2 2nrc-1 2bu2-1 3dlx-1 2nrb-1 2bu6-1 3cdk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.715, 133.566, 102.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial / 3-oxoacid-CoA transferase 1 / Somatic-type succinyl CoA:3-oxoacid CoA-transferase / Scot-S 分子量: 52293.957 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 40-520 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: heart / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q29551, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4 ul Well Solution: 18-22% PEG 3350 or 4000, 75 mM Tris/HCl pH 8. 4 ul Protein solution: 10-15 mg/ml protein, 20 mM MOPS pH 7.2, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.2 mM PMSF, 10% glycerol, VAPOR ...詳細: 4 ul Well Solution: 18-22% PEG 3350 or 4000, 75 mM Tris/HCl pH 8. 4 ul Protein solution: 10-15 mg/ml protein, 20 mM MOPS pH 7.2, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.2 mM PMSF, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4 ul Well Solution: 18-22% PEG 3350 or 4000, 75 mM Tris/HCl pH 8. 4 ul Protein solution: 10-15 mg/ml protein, 20 mM MOPS pH 7.2, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.2 mM PMSF, 10% glycerol, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.948 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 297163 / Num. obs: 297163 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 18372 / R_sym value: 0.296 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O9L

1o9l

解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.485 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18538	14899	5 %	RANDOM
R_work	0.16502	-	-	-
all	0.1657	296782	-	-
obs	0.1657	296782	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	-0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.238 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14137	0	14	1581	15732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	14752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	10089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.977	19997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.206	3	24849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.206	5	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.68	24.817	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.414	15	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.902	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	10168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	7197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.111	0.2	7353
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.304	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.114	1.5	12235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.23	1.5	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.208	2	15095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.315	3	6179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.231	4.5	4848

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	910	-
R_work	0.225	17341	-
obs	-	17341	81.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6349	-0.0283	-0.0602	0.7053	-0.0813	0.8636	0.0203	0.0199	0.0784	0.0379	-0.0092	-0.0459	-0.1748	-0.0432	-0.0112	-0.0255	0.049	0.0022	-0.1201	0.0103	-0.1584	18.1137	66.9187	56.5878
2	3.2394	0.6332	-0.0177	0.5145	0.2267	1.4694	-0.0447	-0.1135	0.034	0.0209	0.0855	-0.1611	0.0369	0.2971	-0.0408	-0.0089	0.0442	-0.0354	-0.0074	-0.0115	-0.0306	48.8938	68.0189	62.2421
3	0.5362	-0.0896	-0.0433	0.782	-0.1541	0.8143	-0.0057	0.042	-0.084	-0.0345	0.0036	-0.0427	0.0794	-0.0442	0.0021	-0.0792	0.0268	0.0037	-0.1162	-0.0084	-0.1412	20.5419	35.6714	55.7122
4	2.4283	0.4078	-0.9204	1.3971	-0.5068	2.6438	-0.0624	0.2949	-0.1003	-0.1093	0.0613	0.2538	0.2113	-0.4106	0.0011	-0.0771	0.0033	-0.0002	0.0185	-0.0276	-0.0659	-9.9238	34.6998	65.1475
5	0.6492	0.0398	0.0528	0.9729	0.1464	0.6986	-0.017	-0.0137	0.0781	-0.0204	0.0255	0.0229	-0.0806	0.0279	-0.0085	-0.2093	-0.0051	-0.0055	-0.1904	-0.0066	-0.1422	5.1202	73.8573	4.5221
6	2.6083	0.492	-0.3181	1.6075	0.4205	1.7381	0.0081	0.0719	0.0512	-0.0818	0.0325	-0.245	-0.1262	0.2223	-0.0405	-0.1899	-0.031	0.0037	-0.0935	-0.0077	-0.0567	34.4934	77.3836	1.0751
7	0.7962	-0.1931	0.0343	0.9371	0.174	0.8349	-0.0194	-0.0654	-0.1127	0.0616	0.0276	0.0301	0.1338	0.0247	-0.0082	-0.1926	0.0042	-0.0015	-0.1852	0.0024	-0.1342	7.3434	42.8124	5.1388
8	2.5942	-0.1324	0.1098	1.574	-1.0089	3.3006	-0.0713	-0.396	-0.2032	0.1713	0.1976	0.422	0.2148	-0.6889	-0.1263	-0.0929	-0.0519	0.1049	0.0923	0.0634	0.0659	-19.638	42.5204	21.3651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	300 - 358
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	375 - 394
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	262 - 299
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	359 - 374
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	395 - 480
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 246
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	300 - 358
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	375 - 394
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	261 - 299
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	359 - 374
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	395 - 480
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 246
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	300 - 358
15	X-RAY DIFFRACTION	5	C	375 - 394
16	X-RAY DIFFRACTION	6	C	261 - 299
17	X-RAY DIFFRACTION	6	C	359 - 374
18	X-RAY DIFFRACTION	6	C	395 - 480
19	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 246
20	X-RAY DIFFRACTION	7	D	300 - 358
21	X-RAY DIFFRACTION	7	D	375 - 394
22	X-RAY DIFFRACTION	8	D	262 - 299
23	X-RAY DIFFRACTION	8	D	359 - 374
24	X-RAY DIFFRACTION	8	D	395 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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